Post on 08-Nov-2014
¿CÓMO DETERMINAR LA CARGA ELÉCTRICA DE UN PÉPTIDO O
PROTEÍNA?
Dr. Pablo G. Damián Matsumura
• La carga neta de un péptido o una proteína es la suma de las cargas de los grupos laterales ionizables, más la carga de sus extremos amino (N) y carboxilo (C).
• Pasos:
1. Identificar los posibles grupos laterales ionizables (aquellos que presentan 3 pK’s), incluyendo los extremos N y C.
2. Determinar la carga del grupo lateral al pH indicado.
3. Sumar las cargas.
N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-CpH 4.0
N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-CpH 4.0
¿Qué carga eléctrica tiene el grupo lateral de la cisteína (-SH) a pH 4.0?
N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-C pH4.0
El pH al que se desprotona el grupo –SH es 8.18.Entre pH 0 y 8.18 está protonado(SIN CARGA)Después de pH 8.18 está protonado (CARGA NEGATIVA)
¿Qué carga eléctrica tiene el grupo lateral de la cisteína (-SH) a pH 4.0?
N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-CpH 4.0
A pH 4.0 el grupo lateral de la cisteína (-SH) no tiene carga.
NUNCA VA A TENER UNA CARGA POSITIVA.
N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-C pH4.0
El pH al que se desprotona el grupo H3N+- de la Cisteína es 10.28.A pH 4.0 está protonado, por tanto con CARGA POSITIVA.En general, el grupo N-terminal se toma como pK ≈ 9 y el grupo C-terminal pK ≈ 3
¿Qué carga eléctrica tiene el grupo N de la cisteína (-SH) a pH 4.0?H3N+-
N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-CpH 4.0
NONO
NONO NO
NO
CARGA NETA POSITIVA
¿Cuál es la carga del péptido a los siguientes pH?
N - Asp- Gly- Lys- Cys- Arg- Val- His- Leu- Glu- Gln- C
( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( ) pH 1.0
( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( ) pH 3.0
( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( ) pH 5.0
( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( ) pH 7.0
( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( ) pH 9.0
( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( ) pH 11.0
( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( ) pH 13.0
¿De qué otra manera se puede determinar?
donde Ni es el número de AA, pKai los valores de pKade los extremos N-terminal y de las cadenas lateralesde Arg, Lys e His. El índice j pertenece al extremo C-terminal, Asp, Glu, Cys y Tyr
Peptide Property Calculators
• http://www.genscript.com/ssl-bin/site2/peptide_calculation.cgi
• http://www.innovagen.se/custom-peptide-synthesis/peptide-property-calculator/peptide-property-calculator.asp
PROBLEMA: SOLAMENTE CALCULAN pH 7.0