Comunicación y uso de la literatura científica en biomedicina

II Seminario EC3 sobre evaluación y comunicación de la ciencia

Alberto Labarga

alberto.labarga@scientifik.info

http://ec3.ugr.es/seminario2009/

La generación de información es un aspecto clave de la investigación

biomédica

No sólo es importante la cantidad sino la complejidad de las interacciones

Applied Biosystems ABI 3730XL

Illumina / Solexa Genetic Analyzer

Applied BiosystemsSOLiD

Roche / 454 Genome Sequencer

1 Mb/day 100 Mb/run 3000 Mb/run

La tecnología ha aumentado recientemente esta capacidad de

generación de datos

PubMed statisticshttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez

>17 million citations

>400,000 added/year

~70 million searches/month

PubMedCentral statisticshttp://www.pubmedcentral.nih.gov

> 500 journals>2 million full text papers

~20 million retrievals/month

Lo que se traduce en un incremento en la producción científica

Scientific information available in 2010 will double every 72 hours

Tradicionalmente, las bases de datos (Uniprot, EMBLbank) son el nodo central

del conocimiento científico

y las referencias son material de soporte

pero eso está cambiando

A contest created to improve the way scientific information is communicated and used. The contest invites members of the scientific community to describe and prototype a tool to improve the interpretation and identification of meaning in (online) journals and text databases relating to the life sciences. 

hay tres formas básicas de explicitar el

conocimiento almacenado en las publicaciones

científicas

1. capturar el conocimiento explicitamente

Structured Digital Abstracts Experiment– To develop and fine tune simple tools to facilitate

data entries and the authors selection of terms from controlled vocabularies.

– To propose a text layout for a structured abstract to be appended to the traditional abstract.

– To investigate and estimate the authors' degree of interest (and competence) in a project implicating them as active players in this "editorial revolution".

2. extraer el conocimiento

usando minería de textos

http://www.ihop-net.org

http://www.knewco.com/

generar conocimiento

colectivamente

web 1.0: Acceder el conocimiento web 2.0: Recoger conocimiento

redes sociales

wikis científicas

http://www.wikigenes.org

http://www.wikiproteins.org

blogs

I was lost but now I live herehttp://shirleywho.wordpress.com/Shirley Wu

What You’re Doing Is Rather Desperatehttp://nsaunders.wordpress.comNeil Saunders

Public Ramblinghttp://pbeltrao.blogspot.comPedro Beltrao

HubLog

Alf Eaton

http://hublog.hubmed.org/

Open Reading Framehttp://www.sennoma.net/Bill Hooker

Nodalpointhttp://www.nodalpoint.org/

microblogging

web 1.0: Acceder conocimiento web 2.0: Recoger conocimiento web 3.0: Aplicar conocimiento web 4.0: Generar conocimiento

living document

El Living Document no es uno que se (re)escribe continuamente como en le enfoque wiki, sino un que actúa como node de interconexión entre otros documentos y bases de datos, mediante el uso de etiquetado colaborativo y ontologías

arquitectura

user management (FOAF)

retrieval SPI annotation SPI

Elsevier Pubmed BMC Custom whatizit reflect knewco ihop

XSLT+DHTML +CSS

tag management (MOAT)

document management (POAP)

web application

interfaces

Antileukoproteinase, Secretory leukocyte protease inhibitor, P03973

uniprot: http://www.uniprot.org/uniprot/P03973genecards: http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?id=P03973dasty: http://www.ebi.ac.uk/dasty/client/ebi.php?q=P03973

>sp|P03973|SLPI_HUMAN Antileukoproteinase OS=Homo sapiens GN=SLPI MKSSGLFPFLVLLALGTLAPWAVEGSGKSFKAGVCPPKKSAQCLRYKKPECQSDWQCPGK KRCCPDTCGIKCLDPVDTPNPTRRKPGKCPVTYGQCLMLNPPNFCEMDGQCKRDLKCCMG MCGKSCVSPVKA

Links

uniprot: http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$genecards: http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?id=$ID$

Add new

Retrieve

uniprot: http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$.txtuniprotXML : http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$.xml fasta: http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$.fasta

Add new

For a given annotation you can define links and ways to retrieve information.

Links will be shown in the tag popup so you can visit the site

Retrieval links will be used to download information in a given format, for example, all protein sequences mentioned in the text.

fastaDownload

ALP

Antileukoproteinase      Secretory leukocyte protease inhibitor     WAP4 HUSI-1

        BLPI   

http://www.wired-marker.org

http://www.shiftspace.org/

web services high thoughput

textvisualization

integration

miningdata analysis

ontologies

muchas gracias!Para saber más: http://www.scientifik.info