Post on 26-Jan-2016
description
FACTORS DE TRANSCRIPCIÓ
Maria SeguraXavier Serra
Gemma SoldevilaXavier Viñals
ÍNDEX
1. Introducció
2. Zinc finger
I) 2-cisteïna 2-histidina
II) Multicisteïna
3. Helix-turn-helix
I) Homeodomini
II) POU (Pit-Oct-Unc)
III) PAX (Paired box)
4. Domini bàsic d'unió al ADN (basic domain)
I) Leucine zipper
II) Helix-loop-helix
5. Conclusions
1. INTRODUCCIÓ
Proteïna amb habilitat d’unir-se a l’ADN
Específicament
Capacitat moduladora de la transcripció
Interacció amb altres factors
Interacció amb l’ARN polimerasa
Estructura modular
Factor de transcripció
Unió hormona
Activació transcripció
Unió al DNA
Receptor glucocorticoides
DITS DE ZINC
Dits de zinc 2 Cys + 2 His
Dits de zinc multicisteïna
DITS DE ZINC: 2cys + 2 his
2 cadenes β antiparal·leles i una α-hèlix
Ió zinc juga paper crucial per a l’estabilitat
Mutació Cys per Ser impedeix unió a zinc i enzim no funcional
Seqüència consens:
Cys-X2-4-Cys-X3-Phe-X5-Leu-X2-His-X3-His
Cys-X2-4-Cys-X3-Phe-X5-Leu-X2-His-X3-His Cys-X2-4-Cys-X3-Phe-X5-Leu-X2-His-X3-His Cys-X2-4-Cys-X3-Phe-X5-Leu-X2-His-X3-His
Interacció amb el solc major del DNA
Nombre de dits de zinc variable:
DITS DE ZINC: 2cys + 2 his
Interacció amb el solc major del DNA
Nombre de dits de zinc variable:Organisme Gen Nombre de fingers
Drosophila
KruppelHunchback
SnailGlass
4645
LlevatADRISW15
23
XenopusTFIIIA
Xfin9
37
Rata NGF-1A 3
Mouse
MK1MK2Egr 1Evi 1
793
10
HumanSp1TDF
313
DITS DE ZINC: 2cys + 2 his
Exemple: TFIIIA
Regula transcripció per RNA 5S ribosomal mitjançant polIII
Unió a C-block de regió de control intern (ICR)
DITS DE ZINC: 2cys + 2 his. Exemple TFIIIA
1tf3.pdb
Estructura TFIIIA
DITS DE ZINC: 2cys + 2 his. Exemple TFIIIA
2 cadenes β antiparal·leles i una α-hèlix
Zn estabilitza
Unió via solc major
1tf3.pdb
Estructura TFIIIA
DITS DE ZINC: 2cys + 2 his. Exemple TFIIIA
Seqüència consens:
Residus d’interacció: -1, +2, +3 i +6 inici hèlix
Cys-X2-4-Cys-X3-Phe-X5-Leu-X2-His-X3-His
1tf3.pdb
Electronegativitat
Electropositivitat
Reconeixement DNA – proteïna: complementarietat
Estructural
Electrostàtica
Ponts d’hidrogen i enllaços Van der Waals
DITS DE ZINC: 2cys + 2 his. Exemple TFIIIA
Contactes amb l’esquelet de DNA
Cadena codificant i no codificant
DITS DE ZINC: 2cys + 2 his. Exemple TFIIIA
1tf3.pdb
Contactes amb l’esquelet de DNA
Ponts d’hidrogen
Enllaços Van der Waals
DITS DE ZINC: 2cys + 2 his. Exemple TFIIIA
1tf3.pdb
Alineament seqüència
Alineament estructural i superposició
DITS DE ZINC: 2cys + 2 his. Superposició i alineament
1a1fB FQC---RICMRNFSRSDHLTTHI-RTHTG1a1fC FAC---DICGRKFARSDERKRHT-KIHL-1are1 FVC---EVCTRAFARQEALKRHY-RSHTN1bbo2 YIC---EECGIRKK-PSMLKKHI-RTHTD1tf31 YICSF-ADCGAAYNKNWKLQAHL-SKHTG 1tf32 FPCKE-EGCEKGFTSLHHLTRHS-LTHTG1tf33 FTCDS-DGCDLRFTTKANMKKHFNRFHN-1bhi1 --CTA-PGCGQRFTNEDHLAVHK-HKH--1rmd --CPA-QDCNEEVS-LEKYNHHV-SSH--1tf6A1 --CSF-ADCGAAYNKNWKLQAHL-CKH-- 1tf6A2 --CKE-EGCEKGFTSLHHLTRHS-LTH--1tf6A3 --CDS-DGCDLRFTTKANMKKHFNRFH--1tf6A4 --CPH-EGCDKRFSLPSRLKRHE-KVH--1tf6A5 --CKKDDSCSFVGKTWTLYLKHVAECH--1yuiA --C---PICYAVIRQSRNLRRHLELRH-- 1zfd1 --CDH-PGCDKAFVRNHDLIRHK-KSH--1znf1 --C---GLCERSFVEKSALSRHQ-RVH-- * * * *
1a1fB FQC---RICMRNFSRSDHLTTHI-RTHTG1a1fC FAC---DICGRKFARSDERKRHT-KIHL-1are1 FVC---EVCTRAFARQEALKRHY-RSHTN1bbo2 YIC---EECGIRKK-PSMLKKHI-RTHTD1tf31 YICSF-ADCGAAYNKNWKLQAHL-SKHTG 1tf32 FPCKE-EGCEKGFTSLHHLTRHS-LTHTG1tf33 FTCDS-DGCDLRFTTKANMKKHFNRFHN-1bhi1 --CTA-PGCGQRFTNEDHLAVHK-HKH--1rmd --CPA-QDCNEEVS-LEKYNHHV-SSH--1tf6A1 --CSF-ADCGAAYNKNWKLQAHL-CKH-- 1tf6A2 --CKE-EGCEKGFTSLHHLTRHS-LTH--1tf6A3 --CDS-DGCDLRFTTKANMKKHFNRFH--1tf6A4 --CPH-EGCDKRFSLPSRLKRHE-KVH--1tf6A5 --CKKDDSCSFVGKTWTLYLKHVAECH--1yuiA --C---PICYAVIRQSRNLRRHLELRH-- 1zfd1 --CDH-PGCDKAFVRNHDLIRHK-KSH--1znf1 --C---GLCERSFVEKSALSRHQ-RVH-- * * * *
1a1fB FQC---RICMRNFSRSDHLTTHI-RTHTG1a1fC FAC---DICGRKFARSDERKRHT-KIHL-1are1 FVC---EVCTRAFARQEALKRHY-RSHTN1bbo2 YIC---EECGIRKK-PSMLKKHI-RTHTD1tf31 YICSF-ADCGAAYNKNWKLQAHL-SKHTG 1tf32 FPCKE-EGCEKGFTSLHHLTRHS-LTHTG1tf33 FTCDS-DGCDLRFTTKANMKKHFNRFHN-1bhi1 --CTA-PGCGQRFTNEDHLAVHK-HKH--1rmd --CPA-QDCNEEVS-LEKYNHHV-SSH--1tf6A1 --CSF-ADCGAAYNKNWKLQAHL-CKH-- 1tf6A2 --CKE-EGCEKGFTSLHHLTRHS-LTH--1tf6A3 --CDS-DGCDLRFTTKANMKKHFNRFH--1tf6A4 --CPH-EGCDKRFSLPSRLKRHE-KVH--1tf6A5 --CKKDDSCSFVGKTWTLYLKHVAECH--1yuiA --C---PICYAVIRQSRNLRRHLELRH-- 1zfd1 --CDH-PGCDKAFVRNHDLIRHK-KSH--1znf1 --C---GLCERSFVEKSALSRHQ-RVH-- * * * *
Cys / his phe / leu
DITS DE ZINC: 2cys + 2 his. Superposició i alineament
Alineament seqüència
Alineament estructural i superposició
1znf1 YKC--G-LCERSFVEKSALSRH-QR-VHKN--1tf6A3 FTCD-SDGCDLRFTTKANMKKHFNRFH-NIK-1bhi1 --CT-APGCGQRFTNEDHLAVH-KHK--H---1tf6A4 YPCKKDDSCSFVGKTWTLYLKHVAEC--H---1tf6A5 YPCKKDDSCSFVGKTWTLYLKHVAEC--H---1rmd VKCPA-QDCNEEV-SLEKYNHHV-SS--HK--1tf6A1 YICSF-ADCGAAYNKNWKLQAHL-CK--HTGE1tf6A2 FPCKE-EGCEKGFTSLHHLTRHS-LT--HT--
1znf1 YKC--G-LCERSFVEKSALSRH-QR-VHKN--1tf6A3 FTCD-SDGCDLRFTTKANMKKHFNRFH-NIK-1bhi1 --CT-APGCGQRFTNEDHLAVH-KHK--H---1tf6A4 YPCKKDDSCSFVGKTWTLYLKHVAEC--H---1tf6A5 YPCKKDDSCSFVGKTWTLYLKHVAEC--H---1rmd VKCPA-QDCNEEV-SLEKYNHHV-SS--HK--1tf6A1 YICSF-ADCGAAYNKNWKLQAHL-CK--HTGE1tf6A2 FPCKE-EGCEKGFTSLHHLTRHS-LT--HT--
1znf1 YKC--G-LCERSFVEKSALSRH-QR-VHKN--1tf6A3 FTCD-SDGCDLRFTTKANMKKHFNRFH-NIK-1bhi1 --CT-APGCGQRFTNEDHLAVH-KHK--H---1tf6A4 YPCKKDDSCSFVGKTWTLYLKHVAEC--H---1tf6A5 YPCKKDDSCSFVGKTWTLYLKHVAEC--H---1rmd VKCPA-QDCNEEV-SLEKYNHHV-SS--HK--1tf6A1 YICSF-ADCGAAYNKNWKLQAHL-CK--HTGE1tf6A2 FPCKE-EGCEKGFTSLHHLTRHS-LT--HT--
Cys / his phe / leu Score 7,81
RMS 0,711tf3.pdb
DITS DE ZINC
Dits de zinc 2 Cys + 2 His
Dits de zinc multicisteïna
DITS DE ZINC: multicisteïna
Típic de família de receptors d’esteroides o hormones tiroidees
2 dits, cadescun dels quals conté 4 residus Cys
No residus conservats leu i phe
Seqüència consens:
Cys-X2-Cys-X13-Cys-X2-Cys-X15,17-Cys-X5-Cys-X9-Cys-X2-Cys-X4-CysCys-X2-Cys-X13-Cys-X2-Cys-X15,17-Cys-X5-Cys-X9-Cys-X2-Cys-X4-Cys
Regió important interacció DNA
Els dos dits formen un únic motiu estructural
2 α – hèlix perpendiculars amb el zinc a la base de cada hèlix
DITS DE ZINC: multicisteïna
1r4i.ent
Unió al DNA de forma específica a seqüències palindròmiques o repeticions directes
El receptor forma homo o heterodímers amb altres receptors
DITS DE ZINC: multicisteïna
RxR RxR
AGGTCANAGGTCA
RxR RAR
AGGTCANNAGGTCA
RxR VDR
AGGTCANNNAGGTCA
1r4i.ent
Interaccions
- Forces de Van der Waals
- Ponts d’hidrogen
Residus Distància d’enllaç Tipus
Arg 568 - Val 567 3.1 Å
Lys 563 - G2 3.3 Å
Arg 568 - T5 3.4 Å
Ser 580A - Ser 580B 2.7 Å i 3.6 Å
DITS DE ZINC: multicisteïna
1r4i.ent
HÈLIX-GIR-HÈLIX: Homeodomini
Domini d’unió a l’ADN:
3 hèlix α
Hèlix IHèlix IIHèlix III
Motiu hèlix-gir-hèlix
Hèlix III
Hèlix II
Hèlix I
N-terminal
1enh.pdb
SCOP
Classe: proteïnes tot alfa
Plegament: 3 hèlix d’unió a l’ADN/ARN
Superfamília: Homeodomini-like
Família: Homeodomini
HÈLIX-GIR-HÈLIX: Homeodomini
Hèlix de reconeixement
Solc major
Extrem N-terminal
Solc menor
9ant.pdb
HÈLIX-GIR-HÈLIX: Homeodomini
Seqüència de 60 aminoàcids altament conservada:
Arg 5 Ile 47
Asn 51
Gln / Lys 50
ATTAXX
P02836|HME -----DEKRPRTAFSSEQLARLKREFNENRYLTERRRQQLSSELGLNEAQIKIWFQNKRAKIKKSTGSKNPLA-pdb|1HOM| -----MRKRGRQTYTRYQTLELEKEFHFNRYLTRRRRIEIAHALCLTERQIKIWFQNRRMKWKKENKTKGEPG-pdb|1AHD| -----MRKRGRQTYTRYQTLELEKEFHFNRYLTRRRRIEIAHALSLTERQIKIWFQNRRMKWKKENKTKGEPG-pdb|2HOA| -----MRKRGRQTYTRYQTLELEKEFHFNRYLTRRRRIEIAHALSLTERQIKIWFQNRRMKWKKENKTKGEPG-pdb|1SAN| -----------MTYTRYQTLELEKEFHFNRYLTRRRRIEIAHALSLTERQIKIWFQNRRMKWKKENKTKGEPG-pdb|9ANT| ----------RQTYTRYQTLELEKEFHFNRYLTRRRRIEIAHALSLTERQIKIWFQNRRMKWKKEN--------pdb|1B8I| ----FYPWMARQTYTRYQTLELEKEFHTNHYLTRRRRIEMAHALSLTERQIKIWFQNRRMKLKKEI--------pdb|1FTZ| ----MDSKRTRQTYTRYQTLELEKEFHFNRYITRRRRIDIANALSLSERQIKIWFQNRRMKSKKDRTLDSSPEHpdb|1B72| ARTFDWMKVLRTNFTTRQLTELEKEFHFNKYLSRARRVEIAATLELNETQVKIWFQNRRMKQKKRERE------pdb|1JGG| --------RYRTAFTRDQLGRLEKEFYKENYVSRPRRCELAAQLNLPESTIKVWFQNRRMKDKRQ---------pdb|3HDD| --------RPRTAFSSEQLARLKREFNENRYLTERRRQQLSSELGLNEAQIKIWFQNKRAKIKK----------pdb|2HDD| -------KRPRTAFSSEQLARLKREFNENRYLTERRRQQLSSELGLNEAQIKIWFKNKRAKIK-----------pdb|1HDD| --------RPRTAFSSEQLARLKREFNENRYLTERRRQQLSSELGLNEAQIKIWFQNKRAKIKKS--------- .. * * .** *.. ** .. * * * .*.**.*.* * *
HÈLIX-GIR-HÈLIX: Homeodomini
Exemple: proteïna Antennapedia (Drosophila)
Seqüència d’ADN: ATTACC
ResidusDistànci
aTipus d’enllaç
Lys46 - G405
4.8 Å Mediat per aigua
Ile47 - T521
3.7 Å Mediat per aigua
Glu50 - G522
4.4 Å Mediat per aigua
Asn51 - A520
2.8 Å2.7 Å
Ponts d’hidrogen
Arg5 - T518
2.5 Å Pont d’hidrogen
9ant.pdb
HÈLIX-GIR-HÈLIX: Homeodomini
9ant.pdb
HÈLIX-GIR-HÈLIX: Homeodomini
Seqüència de 60 aminoàcids altament conservada:
Superposició amb STAMP
RMSD = 0.83
Score = 7.62
Domini bipartit:
- Domini específic POU (POU-S)
- Seqüència d’entre 74 i 82 aminoàcids
- 4 hèlix α
- Homeodomini POU (POU-H)
- Seqüència de 60 aminoàcids
- 3 hèlix α
- Seqüència enllaçant no conservada d’entre 15 i 56 aminoàcids
HÈLIX-GIR-HÈLIX: POU (Pit-Oct-Unc)
Domini bipartit:
- Domini específic POU (POU-S)
- Homeodomini POU (POU-H)
- Seqüència enllaçant
SCOP
Classe: proteïnes tot alfa
Plegament: 3 hèlix d’unió al’AND/ARN
Superfamília: Homeodomini-like
Família: Homeodomini Motiu hèlix-gir-hèlix
HÈLIX-GIR-HÈLIX: POU (Pit-Oct-Unc)
Hèlix I
Hèlix IIHèlix III
Hèlix IV
Hèlix II
Hèlix III Hèlix I
POU-SPOU-H
Seqüència enllaçant entre l’extrem N-terminal del motiu POU-H i l’hèlix IV del moitu POU-S
1oct.pdb
ATGCAAAT
HÈLIX-GIR-HÈLIX: POU (Pit-Oct-Unc)
Unió a seqüències d’ADN globalment divergents però localment
conservades:
Exemple: Oct-1
AATGCAAATT
CAATATGATAATGAGG
CATGCAAATT
CACTCAAGCCAATTAGGAG
ATGCAAAT
POU-S POU-H
HÈLIX-GIR-HÈLIX: POU (Pit-Oct-Unc)
Domini específic POU
(POU-S)
Homeodomini POU
(POU-H)
A
A
A
A
C
G
T
T
Exemple: Oct-1
A T G C A A A T
1oct.pdb
HÈLIX-GIR-HÈLIX: PAX
Dos subdominis globulars
N-Terminal
C-Terminal
Cadena polipeptídica d’unió
SCOP
Classe: proteïnes tot alfa
Plegament: 3 hèlix d’unió a l’ADN/ARN
Superfamília: Homeodomini-like
Família: Domini Paired
6pax.pdb
HÈLIX-GIR-HÈLIX: PAX
Interacció amb l’ADN
Dominis globulars
N-terminal
C-terminal
Cadena polipeptídica
Amb quin solc interaccionen?
Solc major
Solcmenor Solc major
Motiu hèlix-gir-hèlix
6pax.pdb
HÈLIX-GIR-HÈLIX: PAX
Interaccions
- Forces de Van der Waals
- Ponts d’hidrogen
- Enllaços a través d’aigües
Residus Distància d’enllaç Tipus
Asn 14 - G9 2.7 Å i 4.6 Å
Gly 15 - G10 2.2 Å
Asn 47 - T2 4.8 Å
Ile 68 - G10, T11 2.7 Å i 3.6 Å
Gly 69 - T11 2.7 Å
Gly 70 - G13 2.9 Å
Ser 118 - G17 3.7 Å
Arg 122 - T16 2.8 Å
Arg 125 - T19 3.6 Å6pax.pdb
HÈLIX-GIR-HÈLIX: PAX
Conservació dels gens PAX
La família dels gens PAX presenta 9 proteïnes en mamífers
S’agrupen en 4 grups a partir de la similaritat de seqüència
PAX1 - PAX9
PAX3 - PAX7
PAX4 - PAX6
PAX2 - PAX5 - PAX8
HÈLIX-GIR-HÈLIX: PAX
Superposició amb STAMP
Score 9.25
RMS 1.43
Score 5,60
RMS 0,92
4. DOMINI BÀSIC D’UNIÓ AL DNA
Domini d’unió a l’ADN
Regió bàsica que estableix diferents tipus d’enllaç amb l’ADN
Cal la dimerització de la proteïna Estratègies:
Leucine zipper
Helix-loop-helix
Helix-loop-helix/ leucine zipper
4.1. LEUCINE ZIPPER
SCOP
Classe: Coiled coil proteins
Plegament: Coiled coil paral·lel
Superfamília: Domini leucine zipper
Família: Domini leucine zipper
Dues α-hèlix paral·leles right handed Motiu coiled coil
Regió rica en leucines Dimerització
Regió bàsica Unió a l’ADN
4.1. LEUCINE ZIPPER
Seqüència consens:
Regió rica en leucines Dimerització
Correcta estructura de la proteïna Unió a l’ADN per la regió bàsica
L - X6 - L - X6 - L - X6 - L - X6 - L
L - X6 - L - X6 - L - X6 - L - X6 - L
Hèlix 1
Hèlix 2
4.1. LEUCINE ZIPPER
Regió bàsica Unió a l’ADN Reconeixement de palíndroms
Interacció amb el solc major
Solc major Solc major
Solc menor
4.1. LEUCINE ZIPPER
Estudi estructural c/EBP α Rattus norvegicus
Regula diferenciació adipòcits i neutròfils
Regió bàsicaLeucines
ADN reconegut
1nwq.pdb
4.1. LEUCINE ZIPPER
Regió rica en leucines Dimerització
Interaccions
hidrofòbiques
Interaccions
hidrofòbiquesAsn 321: pont
hidrogen
4.1. LEUCINE ZIPPER
Regió rica en leucines Dimerització
Ponts sal: Asp 320 – Arg 325
Glu 334 – Arg 339
Interaccions
hidrofòbiques
4.1. LEUCINE ZIPPER
Regió bàsica Unió a l’ADN A - T - T - G - C - G - C - A - A - T
T - A - A - C - G - C - G - T - T - A
Altres
residus
bàsics
Arg 300
Electrostàtic
4.1. LEUCINE ZIPPER
Regió bàsica Unió a l’ADN Ponts
d’hidrogen
Asn 292Arg 289
A - T - T - G - C - G - C - A - A - T
T - A - A - C - G - C - G - T - T - A
4.1. LEUCINE ZIPPER
Regió bàsica Unió a l’ADN Forces de
Van der
Waals
Val 296
Ala 295
Ser 299
A - T - T - G - C - G - C - A - A - T
T - A - A - C - G - C - G - T - T - A
4.1. LEUCINE ZIPPER
Aliniament basat en seqüència
4.1. LEUCINE ZIPPER
Superposició estructural (STAMP)
Aliniament basat en estructura
Score: 7.39
RMS: 1.98
4.1. LEUCINE ZIPPER4.1. LEUCINE ZIPPER
Aliniament basat en estructura:
Stamp:
Stamp a partir d'un aliniament:
Score: 7.39
RMS: 1.98
Score: 7.08
RMS: 0.81
4.2. HELIX-LOOP-HELIX (HLH)
SCOP
Classe: Proteïna tot alfa
Plegament: HLH-like
Superfamília: HLH
Família: HLH
Regió hèlix loop hèlix Dimerització
Regió bàsica Unió a l’ADN
Unió monòmers Feix 4 hèlix alfa
left-handed paral·leles
5' - C – A – N – N – T – G - 3'
3' - G – T – N – N – A – C - 5'
E-box
4.2. HELIX-LOOP-HELIX (HLH)
Core hidrofòbic
Estudi estructural Pho4 (Saccharomyces cerevisiae)
Regió hèlix - loop - hèlix Dimerització
1a0a.pdb
4.2. HELIX-LOOP-HELIX (HLH)
Core hidrofòbic
Pont d’hidrogen:
Tyr 52 – Gln 57
Estudi estructural Pho4 (Saccharomyces cerevisiae)
Regió hèlix - loop - hèlix Dimerització
5' - G – C – A – C – G – T – G – G – G - 3'
3' - C – G – T – G – C – A – C – C – C - 5'
4.2. HELIX-LOOP-HELIX (HLH)
Estudi estructural Pho4 (Saccharomyces cerevisiae)
E-box
Histidina 5
Glutamina 9
Arginina 13
B
A
Regió bàsica Unió a l’ADN
4.2. COMPARACIÓ HLH i HLH/Z
Superposició estructural
Hèlix - loop - hèlix
Hèlix - loop – hèlix / Leucine Zipper
Superposició estructural
4.2. COMPARACIÓ HLH i HLH/Z
HLH i HLH/Z
Score: 5.29
RMS: 1.91
4.2. COMPARACIÓ HLH i HLH/Z
Superposició estructural
5. PREGUNTES PEM
1. 1. Com es classifiquen tradicionalment els factors de transcripció?2. a) En funció de l'estructura que adopten a l'unir-se al DNA b) En funció de les bases del DNA a les quals s'uneixen c) a i b són certes d) En funció de la seva mida e) Totes són certes
5. PREGUNTES PEM
2. Respecte els dits de zinc 2 cys + 2 his
a) Interaccionen amb el solc major del DNA b) Tenen un nombre de dits de zinc variable c) a i b són certes d) No presenten una seqüència consens e) Totes són certes
5. PREGUNTES PEM
3. Respecte els dits de zinc, senyala la resposta correcta:
a) Els dits de zinc multicisteïna tenen dos àtom de Zn a la base de cada alfa-hèlix
b) Els dits de zinc 2 cys + 2 his fan contactes només amb la cadena codificant del DNA
c) En la família de factors de transcripció dels dits de zinc es produeixen interaccions només per ponts d'hidrogen
d) Els dits de zinc multicisteïna s'uneixen a seqüències palindròmiques o repeticions directes
e) Cap de les anteriors és certa
5. PREGUNTES PEM
4. Quina de les següents afirmacions és falsa respecte a l’Homeodomini?
a) Interacciona amb l’ADN a través del solc major i del menor
b) Està format per tres hèlix alfa
c) L’hèlix de reconeixement interacciona amb el solc major
d) L’extrem N-terminal és essencial per a que s’estableixi la interacció amb
l’ADN
e) Presenten un motiu hèlix-gir-hèlix
5. PREGUNTES PEM
5. Quines de les següents afirmacions són correctes?
1) La seqüència enllaçant entre els dominis POU és molt flexible
2) Els dos dominis de les proteïnes POU tenen el mateix nombre d’hèlix
alfa
3) La seqüència enllaçant de les proteïnes PAX és important per a la
interacció amb l’ADN a través del solc menor
4) Els dominis de les proteïnes PAX no tenen el mateix nombre d’hèlix
alfa
a) 1, 2 i 3
b) 1 i 3
c) 2 i 4
d) 4
e) 1, 2, 3, 4
5. PREGUNTES PEM
6. Quins d'aquests factors de transcripció han de dimeritzar per tal d'unir-
se al DNA?
1) POU
2) Hèlix-loop-hèlix
3) Zinc finger 2CYS - 2HIS
4) Leucine zipper
a) 1, 2 i 3
b) 1 i 3
c) 2 i 4
d) 4
e) 1, 2, 3, 4
5. PREGUNTES PEM
7. Quin tipus d'interaccions s'estableixen en la dimerització de les leucine
zipper?
1) Ponts d’hidrogen
2) Interaccions hidrofòbiques
3) Ponts salins
4) Forces de Van der Waals
a) 1, 2 i 3
b) 1 i 3
c) 2 i 4
d) 4
e) 1, 2, 3, 4
5. PREGUNTES PEM
8. Quins d'aquests factors de transcripció utilitzen un domini bàsic per unir-se al DNA?
a) Leucine-zipperb) Helix-loop-helixc) Les dues anteriorsd) Zinc fingerse) Totes les anteriors
9. En referència a l’homeodomini, assenyala l’afirmació CORRECTA:
a) No s’uneix a l’ADNb) Presenta un sol domini amb plegament sandwich greek-keyc) Té un motiu hèlix-turn-hèlixd) Té un plegament tot betae) Està format per quatre dominis
5. PREGUNTES PEM
10. Una de les següents afirmacions és característica de l’homeodomini (assenyala la CORRECTA):
a) L’hèlix de reconeixement s’uneix al solc menor de l’ADNb) La seva seqüència està molt poc conservadac) Tan l’extrem C-terminal com l’N-terminal són essencials per la unió a l’ADNd) El motiu hèlix-turn-hèlix està format per dues hèlix αe) La unió a l’ADN es fa sobre una seqüència no específica
5. PREGUNTES PEM
11. Quina o quines de les següents característiques NO ho són del domini POU:
1) Té un domini bipartit (POU-H i POU-S)2) No hi ha seqüència enllaçant entre els dos dominis3) Tan el domini POU-H com el POU-S tenen el motiu hèlix-turn-hèlix4) Presenta un domini dit de zinc
a) 1, 2 i 3b) 1 i 3c) 2 i 4d) 4e) 1, 2, 3 i 4
5. PREGUNTES PEM