Post on 03-Jul-2015
SynbioSSSynthetic Biology Software Suite
Conceptos previos
- REGISTRY OF STANDARD BIOLOGICAL PARTS:
• Colección de “ladrillos” biológicos para diseñar nuevos organismos o rediseñar los existentes.
¿Qué es un biobrick?
· Secuencias de ADN con una función específica.· No hay por qué conocer la secuencia de pares
de bases por la que está formado, sólo su funcionalidad-> Abstracción.
Biobrick: Ejemplos
SynbioSS
• Software de simulación biológica
• Tres módulos:– Desktop Simulator– Designer– SynbioSS Wiki
SynbioSS: Módulos
SynbioSS: ¿Cómo funciona?
SynbioSS: Requisitos
• Windows• Mac• Distribuciones Unix en general
SynbioSS: Designer
• Transforma el diseño hecho con Biobricksen un fichero SBML o netCDF.
SynbioSS: Desktop
• Crea simulaciones a partir de un fichero SBML o netCDF.
• Permite crear o modificar estos ficheros de reacciones.
SynbioSS: Wiki
• Base de datos• Almacena reacciones y datos cinéticos.
• Con ello se pueden modificar las reacciones existentes en un fichero o crear uno desde cero.
SBML y SBGN
• Systems Biology Markup Language: Lenguaje de marcas para definir modelos biológicos computacionalmente.
• Systems Biology Graphical Notation: Notación gráfica para representar procesos biológicos y relaciones.
SBML: Ventajas
• No convierte el modelo en un conjunto de EDO's.
• Cada programa interpreta el código como quiere:– SynbioSS lo interpreta como EDO's.– Otros lo usan para generar gráficos (SBGN)– Etc...
SBML: Ejemplo<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<sbml level="2" version="3" xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2/version3">
<model name="EnzymaticReaction">
<listOfUnitDefinitions>
<unitDefinition id="per_second">
<listOfUnits>
<unit kind="second" exponent="-1"/>
</listOfUnits>
</unitDefinition>
<unitDefinition id="litre_per_mole_per_second">
<listOfUnits>
<unit kind="mole" exponent="-1"/>
<unit kind="litre" exponent="1"/>
....
SBML: Esquema
• ¿Qué hay en todo éste código?• Listas de definición de:
– Funciones– Unidades– Compartimentos– Especies– Reacciones– ...
SBGN
• Dispone de tres tipos de representaciones gráficas:
– PD: Process Description– ER: Entity Relationship– AF: Activity Flow
SBGN: Process Description
• Muestra como varias entidades bioquímicas reaccionan entre sí a lo largo del tiempo.
• Procesos secuenciales y en paralelo.
SBGN: Process Description
SBGN: Entity Relationship
• Permite ver todas las relaciones en las que participan varias entidades.
• Independientemente del tiempo.
SBGN: Entity Relationship
SBGN: Activity Flow
• Describe cómo ciertas actividades biológicas influencian o son influenciadas por otras.
• Bueno para representar el efecto de las perturbaciones (genéticas o ambientales).
SBGN: Activity Flow
SBML - SBGN
• Algunos programas transforman ficheros SBML en gráficos SBGN y viceversa.
• En concreto utilizan los diagramas PD.