Control de la calidad en R: Uso de Markdown paracreación de informes y reportes técnicos

Xavier Buenañoxgoodyear@gmail.com

Noviembre 2016

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Resumen

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3 Conclusiones

Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (2/17)

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Reportes técnicos con R Markdown

Los reportes técnicos automáticos pueden generarse mediantevarias opciones. El data literacy o conocimiento práctico de losdatos es una importante herramienta para la consecución de lainvestigación reproducible.

OpcionesECLIPSELATEX (knitr)R Markdown

LenguajesRPythonSQLBashJavaScriptCSS

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La manera más práctica de trabajar: R Notebooks

PasosInstalar versión más actualizada de RStudioDescargar librería RmarkdownCrear un nuevo archivo R Notebook

VentajasNo es necesario correr un script completoVisualización de resultados paso a pasoEs posible compartir tus resultados y operaciones con otros,generando archivos pdf, html, Word y presentaciones (conBeamer)

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Proceso automatizado de conversión de archivos

Proceso

Figura: Procedimiento en el que un documento Rmarkdown es renderizado

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Estructura de un archivo R Notebook

Componentes

Cabecera YAML (header)Chunks (pedazo de código)Texto (fuera de chunks)

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Opciones de cabecera YAML

YAML (YAML Ain’t Markup Language) es una lista anidadacon los metadatos del documentoOpciones básicastitle: “Reporte de calidad (Exactitud temática)”Author: “X. Buenaño”date: “1 de Noviembre, 2016”output: html_documentSe pueden incluir varios formatos de salida y configuracionesen los mismos. Lo veremos en el ejercicio práctico.

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Opciones en un chunk

Este es un listado de algunas opciones que se pueden usar. Lasopciones por defecto pueden cambiarse al inicio del documento.

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Markdown código

Sintaxis# xxxx*xxxx***xxxx**[xxxx ](www.paginaweb.com)***‘r 2+2‘

ResultadoSección (inicio)CursivaNegritaHyperlinkLínea horizontalCódigo incrustado en texto

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Otras opciones importantes

Bibliografía:Insertar citas en el texto con [@clave_referencia_biliog]. Elestilo de cita también puede ser especificado con un archivo csl.Insertar bibliografía usando un archivo xxx.bib y nombrándoloen la cabecera YAML.

Tabla de contenidos:Incluir la opción toc: yes en la cabecera YAML.Otras opciones como nivel de profundidad y despliegue de latabla de contenidos pueden ser configuradas

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Conclusiones

RMarkdown constituye únicamente una herramienta para laelaboración de reportes de calidad (reproducible research).Es fundamental el conocimiento y experiencia de la temática aanalizar/reportar.Es posible compartir los resultados a través de la página webRPubs u otros mecanismos.Y ahora vamos a la práctica...

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Entorno R

Figura: Interfase de R

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Referencias I

Xie, Yihui (2015). Dynamic Documents with R and knitr. Vol. 29.CRC Press.

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