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CONSTRUCCIN DE UN FENOGRAMA CONE L PROGRAMANTSYS-PCIsmael A HinojosaDaz Amr ica N Castaeda Sort ibrn y OliviaYezOrdez

ObjetivoConstruir un fenograma empleando el

programa N T S Y S - P CUnidad de ConocimientoLas herramientas de cmputo contr ibuyeron

de manera importante al desarrollo de lataxonoma numrica, permi t iendo t rabajarconuna gran cantidad de informacin. Uno de lospaquetes ms ut i l iza dos en este mbito es elN T S Y S - P C (Numer ica l Taxonomy SYStem,Rohlf, 1990).

Descripcindelmenprincipal.N T S Y S - P Cconsta de un conjunto de program as agrupadosen un m en pr inc ip al . Cada program a t rabajacon base en mat r i cesde ent raday mat r i cesdesalida a lmacenadas en arch ivos ASCI I . Paraoperar un programa debe propo rc ionarse elnombre del o los arch ivosque contengan la smatrices de entrada, las que deben contenerdeterminados parmetros que le permitena N T S Y S - P C reconocer t ipo de matr iz y loselementos que la conforman (Rohl f , 1990).E nla figura 78 serepresentala pantal la del menVTSYSpcFile Options _Hejfi_

ClusteringGraphics Similarty

Barra demenBarra de herramientasGrupos de progamas

Botones de activacinde programasindivi-dualesBarra de estadoFigura 78 . Panta l l ad e lmen pr incipal de laversinpara Windows. L a barra de estado muestra una

breve descripcin de los programas y herramientasal posic ionar el puntero del ratn sobre lo sbotoneso iconos respect ivos.

pr inc ipal de la vers in paraWindows.La e laboracin de un fenogramaen NTS Y S -

P Ccomprendevariasetapas,as que sedescr ibea continuacin.

Edicin de la matriz bsica de datos.Puede hacerse con el editor Ntedit, el cua lse activa con el primer icono de la barra deherramientas(F ig. 79).Por lo genera llasOT U 'sson asignadas a lasco lumna s y los caracteres alo s reng lones.Para asignar rtu los a renglonesy co lumnas (nombres a OTU 's y caracteres),deben accionarselo sbotones RowL abs y Col.Labs respectivamente e introducir los rtulossin espacios intermedios.E ltipo dem atriz( Mx.Type )en este caso es Rectangular .S i setiene nvalores ausentes (valores no d isponibles dealgunoscaracteres para algunas OT U's comoelcarcter cuatro para la OT U dos en ele jemp lo),en lacasi l la Missing seind icaelcdigo que seasignaradichos valores,porconvencinse us999. Pueden a adi rse comen tar ios act ivan doel botn Comments . Este programa graba lamatr iz en un a rchivo AS CI I.

Estandarizacin de los datos. Una vezque seedit lamatrizy segrab en un archivo,entoncesdicho archivo debe ser l lam ado por unprograma de N T S Y S - P C . Todos lo sprogramasrequieren de una matriz de entrada y producenuna m atriz de sal ida con formato para ser ledapor otro programa de N T S Y S - P C (Fig. 80). S ilos datos de la matr iz in ic ia l sonmu l tiestados-cuant i tat ivos o mixtos, debe obtenerse unamatriz estandarizada corriendo el programa Stand del grupo de programas General .Eneste caso Inputfile es el arc hivo con la matriz

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yljNTSYSpc _ _ l latxlFie Options Help .-Row Labs|[col Labs] | Insrow]| De rowMx,typeNo ,rows

|J^CIose. . . . _ _ . .|Rectangular [t]|comments|Matrix| 1I [ No, cois- ] Missing [999

OTLI1 OTU2 OTU3 OTU4

Figura 79. Edicin de la matrizbsicadedatoscon el editorNledit.(TSYSpcFile Opt ions Helpm

Clustering OrdinationG r a p h i csGeneral Simarity

, .;,)StandParameters:Input file:Stand by rows?Output fileSubstractoptionDivideoptionConstantCompute i CiseExecu tethisprograr

- l n f xArguments:

7 Helpnmodule

Figura 80. Programa Stand de lgrupo d eprogramasm ultiestados-cuant itat ivoso m ix tos .bsica de datos y "Output file" es el archivoqueproducir este programa. Lacasilla "Standby rows" debe estar seleccionada porque lo scaracterescorresponden a los reng lones en lam atr izbsicade datos.E lresto de lasopcionesen pantallano requierensermodificadas.

Clculo de la matriz de similitud,Partiendode lamatriz estandarizadasecalculalamatrizdesimilitudcon elprograma "Simlnt"delgrupo "Similarity" (Fig.81) .

General ,paraestandarizar la m atrizsi los datos sonEl archivo de entrada aqu es el que

contiene lamatriz estandarizada (queprodujoelprograma "Stand"). Lacas i l la "B y r ows?" n odebe seleccionarse, puesto que lasimilitud seva a ca l cu la r pa ra lasOTU's que estn en lascolumnas. En la cas i l la "Coefficient seelige elcoeficiente dedistancia.

Si la matriz bsica de datos contienenicamente caracteres binarios, la matriz desimilitud secalculacon e lprograma "SimQual"

File Options HelpClustering f Ordination

Graphics ||General II

j~PoVCvl | Smlnt~|jSimGend j SimQual|

Similarity

}3[standParam eters:Inputfile:By rows?Coefficient

""I" ' i - | g | xArguments:DIST B

Compute Jf^L Cise 7 HelpExecutethisprogrammodule

Figura81. Programa S im l n t delgrupo S im i la ri ty ,paracalcular la m atriz des im i li tud .

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delgrupo Similarity (Fig. 82).E n este programa la casi l la Coefficient

i nc luye coef ic ien tes de asoc iac in. E n Posi t ivecode y Negativecode sesealanlo svaloresde presenc ia y ausenc ia de los caracteresbinar ios.

Const ruccin del fenograma Una vezca lcu lada la matriz de s imi l i tud se procede acons t ru i r el fenograma por medio del programaSAHN del grupo Clustering (Fig.83).

archivo de en trada en SAHN es el quecont iene la matr iz de s imi l i tud (produc ida por

File Optons HelpClustering Ordinat ionGraphics ||

General II Similarity

PoolVCVSimGend

SimlntI SimQual

f i|_StandParameters:Inputfile:By rows?CoefficientOutpirtfilePositive codeNegative codeCompute |_ CiseExecutethisprograr

_|D| xArguments:

7 Helpnmodule

Figura 82 Programa SimQual del grupo Similarity, para calcular la matriz de similitud cuando lamatriz bsica de datos contiene solo caracteresbinarios.

TSYSpcFile Optons Help

Graph icsGeneral Similarity

Clustering || Ordination

ConsenCoph

MST | [ SHAN J| NJoin [

SHA N cluster ing

{S tandParameters:Input file:Output fileClustering methodIn case of t ies

Maximun no t ied treeTie toleranceBeta

Arguments:A: \Archivo entrada tx tA: \Archivosalida tx tUPGMAW A R M250 000000 00000

C omp ut e Cise 7 Help, u Execute th is program module

Figura83 Programa SAHN del grupo Clustering , Simln t o SimQual ) y e l archivo de sal idacon tend r la i n formac in del fenograma. En l acasi l la C lus te r i ngmethod seel ige e l tipo del igamiento a usar. En la cas i l la In case of t iesse le ind ica al programasi es que s equiere quese con s t ruyan todos losfenogramas pos ib lesencasod ehaberlos( FIND )osoloe lpr imeroqueencuen t re ( WARN ). Los dems parmetrost rabajan bien con lasopc ion es preestablec idas.

Paraobtenerelfen ogramademan era grfica,debe ejecutars e el programa Tree plot delgrupo Graphics (Fig.84).

La pan tal la de Treeplot permite modif icarlas caracter s t icas del fenograma ( l neas, textos)

paraconstruir elfenograma.y grabarun archivo grf ico detipo Metafile obien copiarlo a un mapa de bi ts.

Bibl iografa recomendadaCrisci , J. y M . F. Lpez Armengol .1983.

ntrodu in a la teora y prctica de lataxonoma numrica. Monografa nm.26,Secretara G e n e r a l de la Organ izac in de losEstados Amer icanos . Washing ton , D.C. pp. 1 3 2

Kohlmann , C. B. 1994.A lgun os aspectosde la taxonoma numr i ca y sus usos enMxico, pp . 9 5 - 1 1 6 . E n : L lren te, J. e I. Luna(eds.). Taxonoma Biolgica. Fondo de Cul turaE c o n m i c a - U N A M .Mxico,D.F.626 pp.

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j fNTSYSpcFile Optionsong f eGeneral[ Clusterng

; ; T-MXHelp

_?J| Similarityil Ordination iGraphics ||

20 plot30plot

MxCompTreeplot

Plot dendogramsFigura 84. Programa Treeplot de l grupo Graphics ,para obtener e lgrf ico del fenograma.

Rohlf , F. J. 1990. NTSYS pc NumricaTaxonomy and Multvariate Analysis. SystemVersin 1.60.Exeter Sof tware, Nueva York.

nidad de accin1. A part i r de a lguna de las mat r ices de

datos de la prct ica 38, construye la matr iz deausenc ia-presenc iaysiguelarut ina paraNTSYS-PC descri ta en la unidad deconocimiento.

2. Obten el fenograma ut i l izando loscoef icientes y ligamiento sealados en dichaprctica.