Noviembre 2015 VIII Jornadas del Dpto. de BBE

Patrones de variación genómica en la radiación reciente del género Junco (Aves: Emberizidae):

Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC)

Foto: James Maley.

Guillermo Friis Borja Milá

¿Sobre cuántos loci actúa la selección?

Indicios de diversificación reciente durante la expansión postglacial del género Junco

Dark-eyed junco (Junco hyemalis)

Yellow-eyed junco (J. phaeonotus)

Volcano junco (Junco vulcani)

Indicios de diversificación reciente durante la expansión postglacial del género Junco

Bayesian phylogeny (D-loop, ND2, COI and ATPase) and the FGB-I5 markers

TMRCA = 0.4 Mya

TMRCA = 0.29 Mya

TMRCA = 0.08 Mya

TMRCA = 7-36 Kya

• Factores evolutivos : Aislamiento geográfico. Selección local adaptativa. Selección sexual. • Divergencia genómica estructural: Islas de divergencia. Múltiples loci. • ¿Cuántos caracteres están implicados?

Preguntas

Genotyping-by-sequencing (GBS)

• Dataset inicial de ~100,000 SNPs

Más del 98% de los SNPs

Historia Evolutiva y variabilidad genómica mediante Genotyping-by-sequencing (GBS)

Tratamiento de SNPs para análisis filogenómicos:

• Dataset inicial de ~100,000 SNPs • Filtrado por selección con

Bayescan (FDR=0,1).

• Subdataset del top 25% Fst SNPs

~25,000 SNPs Fst= 0.06-0.24

La Historia Evolutiva de los juncos a partir de Genome-wide SNPs

Árbol ML basado en un subdataset ~25,000 SNPs

La Historia Evolutiva de los juncos a partir de Genome-wide SNPs

Lati

tud

Árbol ML basado en un subdataset ~26,000 SNPs

Diferenciación genómica tras filtrar por LD

• Dataset inicial de ~100,000 SNPs. • Dataset final de ~25,000 SNPs tras filtrar por LD (threshold = 0.2) R-package {SNPrelate}.

Recolección de datos fenotípicos

Patrones de diferenciación fenotípica

Color: centroids Euclidean Distance

Morphology: centroids Euclidean Distance

ND2 Genetic Distance

ND2 Genetic Distance

Evidencias de selección sexual como driver de diversificación

Latitud

Resultados preliminares sobre el papel de la ecología: modelos de nicho

Collaboration with Amanda Zellmer.

Modified from McCormack et al. 2009

Conclusiones • Rápido evento de especiación múltiple. • Análisis filogenómicos y de estructura poblacional: Monofilia recíproca. Bajos niveles de flujo génico. Múltiples presiones selectivas actuando sobre varios loci. • El speciation continuum de los Juncos: Efectos históricos. Selección adaptativa. Selección sexual.

¡Gracias a todos!

Acknowledgments: We are grateful to the many colleagues and field assistants that contributed to sampling juncos throughout their range over the years. Funding provided by grants from the Spanish Ministry of Science (MICINN), CSIC-CONACYT, NSF and NIH. We also thank our collaborators, Étienne Kornobis, John McCormack, Amanda Zellmer, Ellen Ketterson, Jonathan Atwell, T. B. Smith and R. K. Wayne. Luis Carrascal. Finally, we thank the curators of San Diego Natural History Museum (SDMNH), Los Angeles Museum of Natural History (LAMNH), The Museum of Vertebrate Zoology at Berkeley (MVZ), The Moore Laboratory of Zoology at Occidental College (MLZ), The National Museum of Natural History (NMNH) in New York and The American Museum of Natural History (AMNH) in Washington for providing access to skin samples used in this study.