Selección de SNPs en xenética médica
description
Transcript of Selección de SNPs en xenética médica
![Page 1: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/1.jpg)
Selección de SNPs en xenética médica
Javier Costas
Hospital Clínico Universitario
![Page 2: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/2.jpg)
Orixe nos 80Unha visión global dos xenomas podería
acelerar significativamente a investigación biomédica
A dimensión do proxecto exixiría un esforzo comunitario de grande envergadura
O Proxecto Xenoma Humano
![Page 3: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/3.jpg)
Grande desenvolvemento tecnolóxico
Primeiro borrador da secuencia do xenoma humano: febreiro 2001
O Proxecto Xenoma Humano
![Page 4: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/4.jpg)
Principais logros iniciais3 x 109 bp
Identificación de 30000-40000 xenes (~22500 xenes)
Identificación de marcadores moleculares, microsatélites e SNPs (>1’4 millones)
Mapa físico do xenoma
O Proxecto Xenoma Humano
![Page 5: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/5.jpg)
Marcadores moleculares
• Microsatélites (Simple tandem repeats, STRs)– Repeticións de secuencias cortas ACTT CGT CGT CGT CGT CGT CAAT
– Moi variables
• SNPs (Single nucleotide polymorphisms)– Cambios dun único nucleótido (frecuencia > 1%)
AAG T TACG AAG A TACG
– Moi abundantes (1 SNP/300 bp)– Doados de analizar a grande escala
![Page 6: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/6.jpg)
Haplotipos
Cromosoma 1 AA(CTT)7ACT...CGCTCAA...CACTTG...
Cromosoma 2 AA(CTT)5ACT...CGCCCAA...CACATG...
Haplotipo 1 (CTT)7TT
Haplotipo 2 (CTT)5CA
Xenotipo
AA(CTT)5,7ACT...CGC(C/T)CAA...CAC(A/T)TG...
![Page 7: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/7.jpg)
Enfermedades mendelianas
Debidas a mutacións nun único xenePouco frecuentesEx: Distrofia muscular de Duchenne, -
talasemia, hemofilia, fenilcetonuria, fibose cística...
![Page 8: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/8.jpg)
1745 descripcións fenotípicas con base molecular coñecida
Human Gene Mutation Database 45875 mutacións en 1800 xenes
asociados con enfermedades
![Page 9: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/9.jpg)
Haravuori et al. Am. J. Hum. Genet., 62:620-626, 1998
Mapeo xenético de enfermedades mendelianas Cosegregación de marcador e enfermedade: ligamento en familias
![Page 10: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/10.jpg)
Enfermedades multifactoriais complexas
Alto risco de enfermedade
Factores xenéticos de risco
Factores xenéticos de protección
Factores ambientais de risco
Factores ambientais de protección
Baixo risco de enfermedade
Interaccións xene-xene e xene-ambiente
![Page 11: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/11.jpg)
Múltiples xenes e/ou ambiente
Comúns Estudos de asociación en
poboacións Exemplos: asma, artrite,
cancro, hipertensión, trastorno bipolar...
Único xene Raras Estudos de ligamento en
familias Exemplo: distrofia
muscular (DMD), hemofilia, fibrose cística...
Enfermedades Mendelianas vs enfermedades complexas
![Page 12: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/12.jpg)
Estudos de asociación
Diferencia significativa en distribución de SNPs en casos e controles
Muestreo mais simple que métodos baseados en familias
Mais potencia que estudos de ligamento en familias no caso de riscos relativos pequenos
![Page 13: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/13.jpg)
Asociación frente a ligamento
Mag
nit
ud
e d
o ef
ecto
Frecuencia na poboación
Estudos de ligamentoen familias
Estudos de asociaciónen poboacións
![Page 14: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/14.jpg)
Estudos de asociación
Hipótese enfermedade común/variante común
O risco xenético a padecer enfermedades comúns é xeralmente debido a alelos de predisposición que segregan a frecuencias relativamente elevadas na poboación (Lander, Science 1996)
Ex: ApoE4 e Alzheimer: Frec: ~15%, OR: 3’3, GRR-homoz:12
![Page 15: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/15.jpg)
Localización (xenes candidato)
Validación
Frecuencia
Secuencia
Tipo de SNP (método de asociación)
dbSNP (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
Selección de SNPs
![Page 16: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/16.jpg)
dbSNP
SNPs H. sapiens
0
2000000
4000000
6000000
8000000
10000000
12000000
![Page 17: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/17.jpg)
Localización (xenes candidato)
Validación
Frecuencia
Secuencia
Tipo de SNP (método de asociación)
Selección de SNPs
![Page 18: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/18.jpg)
Selección xenes candidato Xenes candidato funcionais (función, expresión, interaccións)
Xenes candidato posicionais (ligamento)
![Page 19: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/19.jpg)
![Page 20: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/20.jpg)
Base bibliográfica: > 4800 revistas biomédicas > 15 millones de referencias
![Page 21: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/21.jpg)
Gene Ontology
Vocabulario común para a descripción estructural de funcións protéicas en diferentes organismos organismos modelo
Actualmente, más de 16000 termos que describen función molecular, proceso biolóxico, localización celular
http://www.geneontology.org/
![Page 22: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/22.jpg)
Artritis reumatoide
Ex.1: enfermedades autoinmunes, artrite reumatoide
![Page 23: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/23.jpg)
Farmacogenética
Ex.2: farmacoxenética
![Page 24: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/24.jpg)
Rutas metabólicas
Listado de vías metabólicas
Búsqueda por xene, enzima, composto o combinación de 2
100 rutas 300 rutas
![Page 25: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/25.jpg)
Ruta de sinalización de NF-kB
![Page 26: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/26.jpg)
![Page 27: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/27.jpg)
Localización (xenes candidato)
Validación
Frecuencia
Secuencia
Tipo de SNP (método de asociación)
Selección de SNPs
![Page 29: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/29.jpg)
dbSNP
SNPs H. sapiens
0
2000000
4000000
6000000
8000000
10000000
12000000
Totais
Validados
![Page 30: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/30.jpg)
Localización (xenes candidato)
Validación
Frecuencia
Secuencia
Tipo de SNP (método de asociación)
Selección de SNPs
![Page 31: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/31.jpg)
Distribución de frecuencias de SNPs
Frecuencia do alelo menor
Pro
porc
ión
de p
olim
orfi
smos
![Page 32: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/32.jpg)
Risco relativo = 2
0
0,2
0,4
0,6
0,8
1
0 250 500 750 1000
Sample size
0,01
0,05
0,1
0,2
0,3
0,4
0,5
p0
Efecto da frecuencia sobre a potencia dun estudo de asociación caso-control
![Page 33: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/33.jpg)
Diferencias de frecuencias entre poboacións
Hipótese “Out-of-Africa”
Cambios nas frecuencias xénicas (resultado de mutación, deriva xenética, selección e migración)
![Page 34: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/34.jpg)
Colonización paleolítica
Dispersión paleolítica post-glaciación
Dispersión Neolítica
Diferencias de frecuencias entre poboacións
![Page 35: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/35.jpg)
Localización (xenes candidato)
Validación
Frecuencia
Secuencia
Tipo de SNP (método de asociación)
Selección de SNPs
![Page 36: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/36.jpg)
Secuencia en torno ao SNP
Depende do método de xenotipación (PCR)Non repetitivaSNPs secundarios
![Page 37: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/37.jpg)
Localización (xenes candidato)
Validación
Frecuencia
Secuencia
Tipo de SNP (método de asociación)
Selección de SNPs
![Page 38: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/38.jpg)
Estudos de asociación
Método indirecto: mapeo por desequilibrio de ligamento (LD)
Método directo: SNPs funcionais (causais)
T C
T CA T
LD LD
A C
![Page 39: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/39.jpg)
Selección de SNPs funcionais
SNPs codificantes non sinónimos ou sen senso
SNPs que afecten ao “splicing”
SNPs en posibles sitios de unión de factores de transcripción (TFBS)
SNPs en rexións conservadas
![Page 40: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/40.jpg)
SNPs codificantes non sinónimos ou sen senso
Código xenético
![Page 41: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/41.jpg)
SNPs que afecten ao “splicing”
![Page 42: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/42.jpg)
Rexión promotora
Sitios de unión de factores de transcripción (TFBS)
Secuencias curtas
Pouco específicas
Diferente afinidade e especificidade
Difíciles de predecir (non existe equivalente ao código xenético das rexións codificantes)
SNPs en posibles sitios de unión de factores de transcripción
![Page 43: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/43.jpg)
SNPs en posibles sitios de unión de factores de transcripción
![Page 44: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/44.jpg)
SNPs en posibles sitios de unión de factores de transcripción
Predicción de TFBS
Secuencias consenso: WAACCCTTT Matrices de posicións ponderadas (Positional weight matrices)
BS1 : BS2 : BS3 : BS4 : BS5 :
AAACCCTTTTAACCCTTTATACCCTATTCACCCATTAATCCCTTC
: 9 : 9 : 9 : 9 : 9
![Page 45: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/45.jpg)
BS1 : BS2 : BS3 : BS4 : BS5 :
AAACCCTTTTAACCCTTTATACCCTATTCACCCATTAATCCCTTC
: 9 : 9 : 9 : 9 : 9
A 3 3 4 0 0 0 1 1 0 C 0 1 0 5 5 5 0 0 1G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T 2 1 1 0 0 0 4 4 4
2) Xeneración de matrices do aliñamento1) Colección de TFBS coñecidos
Identificación de TFBS mediante matrices de posicións ponderadas
3) Transformación a PWM baseado nas probabilidades a priori
Pesoij ~ lnFrecuenciaij
Probabilidadei
A 0.61 0.61 0.87 -1.79 -1.79 -1.79 -0.33 -0.33 -1.79
C -1.79 0.00 -1.79 1.47 1.47 1.47 -1.79 -1.79 0.00
G -1.79 -1.79 -1.79 -1.79 -1.79 -1.79 -1.79 -1.79 -1.79
T 0.25 -0.33 -0.33 -1.79 -1.79 -1.79 0.87 0.87 0.87
SNPs en posibles sitios de unión de factores de transcripción
![Page 46: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/46.jpg)
SNPs en rexións conservadas Se as secuencias non son funcionais acumulación de mutacións co tempo diverxencia
Se son funcionais selección eliminando mutacións conservación de secuencias
Comparación humano-rato: 5% do xenoma conservado
Ex: 1Mb cr11
![Page 47: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/47.jpg)
SNPs en rexións conservadas
![Page 48: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/48.jpg)
http://pipeline.lbl.gov/cgi-bin/vistatrack
SNPs en rexións conservadas
![Page 49: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/49.jpg)
Obxectivo: identificación de tódalas secuencias funcionais do xenoma humano
![Page 50: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/50.jpg)
Rexións escollidas na fase inicial: 30Mb, 1%
•50% escollidas manualmente:
- Xenes (o outros) ben coñecidos
- Datos comparativos
14 rexións, 0,5-2Mb
•50% escollidas ao longo do xenoma en función da densidade xénica e conservación de rexións non-exónicas
30 rexións de 500 Kb
![Page 51: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/51.jpg)
Estudos de asociación
Método indirecto: mapeo por desequilibrio de ligamento (LD)
Método directo: SNPs funcionais (causais)
T C
T CA T
LD LD
A C
![Page 52: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/52.jpg)
Desequilibrio de ligamiento (LD) Presencia conxunta de dous alelos próximos a unha frecuencia significativamente distinta á esperada en función das súas frecuencias individuais
B bA fAB = fA.fB + D fAb = fA.fb - D
a faB = fa.fB - D fab = fa.fb + D
Problema: depende das frecuencias
D’ = D/Dmax , –1< D’<1
r2 = D2/fA.fa.fB.fb, 0<r2<1
Xene 1
Xene 2
![Page 53: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/53.jpg)
...AACATCTG...ACCTGCCTTA...CCTGTACT...
...AACATCTG...ACCTGCCTTA...CCTGCACT...
...AACTTCTG...ACCTGCCTTA...CCTGCACT...
...AACTTCTG...ACCTGCCTTA...CCTGTACT...
...AACATCTG...ACCTGCCTTA...CCTGTACT...
...AACATCTG...ACCTGCCTTA...CCTGCACT...
...AACTTCTG...ACCCGCCTTA...CCTGTACT...
...AACTTCTG...ACCTGCCTTA...CCTGTACT...
Orixe do LD
A T TA T CT C TT T T
Desequilibrio de ligamento (LD)Haplotipos
![Page 54: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/54.jpg)
Mapeo por desequilibrio de ligamento (LD)
Non precisa coñecemento previo sobre a funcionalidade do SNP
Menor potencia que o método directo, a non ser que o LD sexa perfecto
T CA T
LD LD
C
LD
A
50% 50% 0%
50% 40% 10%
![Page 55: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/55.jpg)
![Page 56: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/56.jpg)
Bloques haplotípicos
Rexións do xenoma humano con baixa diversidade haplotípica e alto LD
Definición:– Diversidade haplotípica
– LD
– Test dos 4 gametos ( recombinación)
ACCT ACCTGCCT GCCT
GCCC
![Page 57: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/57.jpg)
Bloques haplotípicos: LD
![Page 58: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/58.jpg)
Bloque 2
Se hai recombinación: 2N = 512 haplotipos
Sen recombinación: N +1 = 10 haplotipos
Haplotipos > 1% Haplotipos > 5%
Bloques haplotípicos
![Page 59: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/59.jpg)
Identificación de bloques haplotípicos
Selección dun subconxunto de SNPs que identifiquen os distintos haplotipos a frecuencias superiores a un mínimo establecido (5%, 10%)
Haplotipos > 5%
tagSNPs
Bloques haplotípicos: tagSNPs
![Page 60: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/60.jpg)
“LD bins”Conxunto de SNPs, non necesariamente consecutivos, que presentan unha r2 elevada entre eles
1 tagSNP/LD bin
![Page 61: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/61.jpg)
Selección SNPs para mapeo por LD: LD útil
O incremento do tamaño muestral preciso para manter a potencia nun estudo de asociación caso-control é inversamente proporcional a r2
Ex.: Se se precisan 1000 casos/controles asumindo que xenotipamos o SNP causal, precisaranse 2000 casos/controles usando un marcador con r2 = 0’5
![Page 62: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/62.jpg)
International HapMap Project
Orixe no 2001
Xapón, Reino Unido, Canadá, China, EE.UU., Nixeria
Describir os patróns comúns de variación humana
Desenvolver un mapa haplotípico do xenoma humano
Información disponible públicamente http://www.hapmap.org/index.html.en
Densidade mínima 1 SNP/ 5 Kb
Identificar SNPs distintivos (tagSNPs)
![Page 63: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/63.jpg)
International HapMap Project
Mostras de 4 poboacións representativas:CEU: 30 tríos de residentes en Utah con ascendencia no norte e oeste de Europa (Centre d'Etude du Polymorphisme Humain, 1980) CHB: 45 chinos Han de PekínJPT: 45 xaponeses de Tokio
YRI: 30 tríos de Yoruba de Ibadan (Nigeria)
Fase I finalizada
Fase II: incrementar densidade de SNPs nas rexións con pouco LD
![Page 64: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/64.jpg)
International HapMap Project
Obxectivo final:
Facilitar o descubrimento de variantes de susceptibilidade a enfermedades comúns
Reducir o número de SNPs precisos para realizar estudos de asociación de todo o xenoma (whole-genome scans)
![Page 65: Selección de SNPs en xenética médica](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062305/568154fd550346895dc2e86a/html5/thumbnails/65.jpg)
1.586.383 SNPs71 individuos americanos de ascendencia europea,
africana ou chinaDisponible públicamente
http://genome.perlegen.com/browser/index.html