Subtipificación Molecular para la Vigilancia de Salmonella y Escherichia coli productor de toxina...

Subtipificación Molecular para laSubtipificación Molecular para la Vigilancia de Vigilancia de SalmonellaSalmonella y y Escherichia coliEscherichia coli

productor de toxina Shiga en Argentinaproductor de toxina Shiga en ArgentinaAvances y Metas 2006-2008Avances y Metas 2006-2008

Departamento BacteriologíaInstituto Nacional de Enfermedades Infecciosas – ANLIS

“Carlos G. Malbrán”

23 al 25 de octubre 200723 al 25 de octubre 2007Mariana Pichel Isabel Chinen

SalmonellaSalmonella

Criterios para la selección de aislamientos para analizar por PFGE (2006-2007):

Se analizaron todos los aislamientos de S. Typhimurium y S. Newport recibidos en el Laboratorio Nacional de Referencia y todos aquellos relacionados a sospecha de brote, de cualquier serovariedad

Se seleccionaron aislamientos de otras serovariedades, considerando la inclusión de cepas de diferentes lugares y tiempos de aislamiento y aquellas recuperadas de infecciones extra-intestinales

SalmonellaSalmonella • Base de Datos Nacional (BDN)

Descripción\Período 2000-2007(Nº patrones PFGE/

Nº aislamientos analizados)

2006-2007 (Nº patrones PFGE/

Nº aislamientos analizados)

Nº de patrones de XbaI-PFGE

399/1025 143/327

Nº de patrones de BlnI-PFGE

56/169 16/47

SalmonellaSalmonella • Base de Datos Nacional (2006-2007)Número Total de Aislamientos recibidos 2006-2007: 1173

Serovariedad Nº aislamientos

Nº patrones XbaI-PFGE

Typhimurium 169 73

Enteritidis 56 12

Newport 46 29

Infantis 13 5

Otras 43 24

Total 327 143

Brotes 2006 – 2007 analizados por Brotes 2006 – 2007 analizados por XbaXbaI- y I- y BlnBlnI-PFGEI-PFGE

Fecha Serovariedad Provincia Fuente Nº de Afectados

Nº de Aislamientos

Patrón de XbaI-PFGE

Marzo

2006

Typhimurium Tucumán Alimento

(Guiso)

13 7 Humanos ARJPXX01.0013

Marzo

2006

Enteritidis Buenos Aires Sospecha

Alimento

5 2 Humanos ARJEGX01.0015

Mayo

2006

Enteritidis Mendoza Alimento (Torta)

5 1 Humano

1 Alimento

ARJEGX01.0001

Octubre 2006

Enteritidis Santa Fe Sospecha

Alimento


Octubre 2006

Enteritidis Santa Fe Sospecha

Alimento


Octubre 2006

Enteritidis San Luis Sospecha

Alimento


Noviembre 2006

Enteritidis Buenos Aires Alimento

(Soufflé)

4 1 Humano

1 Alimento

ARJEGX01.0001

Enero 2007 Detección de un cluster de 5 aislamientos de S.Typhimurium en la Pcia. de San Luis

SS. Typhimurium multiresistentes. Typhimurium multiresistentesAplicación de PFGE en la identificación yAplicación de PFGE en la identificación y

monitoreo de diseminación de un clon patogénico monitoreo de diseminación de un clon patogénicoDice (Opt:1.50%) (Tol 1.5%-1.5%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]

PFGE-XbaI

100

9080PFGE-XbaI antibio

AM

C

AM

P

CT

X

CR

O

CH

L

CIP

GE

N

NA

L

ST

R

TE

T

TM

S

CX

M

FIX

STM463/07

STM496/07

STM280/07

STM416/07

STM1035/06

STM2043/06

STM708/06

STM150/07

STM1256/05

STM1767/05

STM519/07

STM206/07

STM392/07

STM495/07

STM407/07

STM159/07

STM412/07

STM288/07

STM307/07

STM286/07

STM313/07

STM326/07

STM154/07

STM276/07

STM301/07

STM534/07

STM157/07

STM227/07

STM528/07

STM203/07

STM219/07

STM303/07

STM305/07

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Córdoba

La Pampa

Neuquén

Buenos Aires

Cordoba

Cordoba

Cordoba

Buenos Aires

Santa Fe

Santa Fe

Córdoba

Buenos Aires

Buenos Aires

La Pampa

Buenos Aires

Buenos Aires

Buenos Aires

Santa Fe

Buenos Aires

Santa Fe

Buenos Aires

Salta

Buenos Aires

Buenos Aires

Santa Fe

Santa Fe

Buenos Aires

Buenos Aires

Buenos Aires

Buenos Aires

Buenos Aires

Buenos Aires

Buenos Aires

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Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Animal

Human

Animal

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Human

Food

Aislamientos de STM DT104

Escherichia coliEscherichia coli O157 O157

Epidemiología Molecular aplicada al Epidemiología Molecular aplicada al Sistema de Vigilancia Sistema de Vigilancia

Diversidad genética y relación clonal

Base de datos - 1988-2007 (89% 99-07)

Nº de aislamientos : 1016

Nº de patrones XbaI-PFGE: 460

XbaI-PFGE patrones prevalentes (17%)AREXHX01.0011(103 cepas)AREXHX01.0022 (73 cepas)

En tiempo real

Estudio de brotes Detección de clusters Brotes difusos

Distribución de patrones. 2006-2007 Distribución de patrones. 2006-2007 Utilización de una herramienta de BioNumericsUtilización de una herramienta de BioNumerics

289 aislamientos STEC O157/110 patrones XbaI

PROGRAMA DE VIGILANCIA POR PROGRAMA DE VIGILANCIA POR UNIDADES CENTINELAUNIDADES CENTINELA

Implementación de las UC, con SUH como evento trazador de ETA– 24 UC– 14 Jurisdicciones

Capacitación de microbiólogos clínicos y bromatólogos en la detección de STEC

Notificación Obligatoria, inmediata, e individualizada

Sistema Nacional de Vigilancia de la Salud

SISTEMA NACIONAL DE VIGILANCIASISTEMA NACIONAL DE VIGILANCIA

Dice (Opt:1.50%) (Tol 1.5%-1.5%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-98.3%]

PFGE-XbaI

10

0

90

80

PFGE-XbaI

266/03

780/05

658/02

338/05/#1

18/04

299/04

300/04

613/04

707/04

15/04

326/03

327/03

328/03

36/04

44/04

776/03

844/02

437/05

782/05

783/05

784/05

298/04 2

9/04/#1

439/05 2

721/06

906/05

600/05

372/04

12/04

332/03

678/03

845/02

786/05

720/06

467/03

502/04

8/05

963/05

78/05

264/03/#1

501/04

35/04

AREXHX01.0416

AREXHX01.0332

AREXHX01.0227

AREXHX01.0153

AREXHX01.0031

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0022

AREXHX01.0281

AREXHX01.0313

AREXHX01.0400

AREXHX01.0038

AREXHX01.0200

AREXHX01.0011

AREXHX01.0011

AREXHX01.0011

AREXHX01.0011

AREXHX01.0011

AREXHX01.0011

AREXHX01.0011

AREXHX01.0057

AREXHX01.0369

AREXHX01.0012

AREXHX01.0018

AREXHX01.0325

AREXHX01.0257

AREXHX01.0283

AREXHX01.0283

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eae+/Ehly+

eae+/Ehly+/stx2 y stx2c(stx2vha)

eae+/Ehly+/stx2 y stx2c (stx2vha)









eae+/Ehly+/stx2 y stx2c (stx2vha













eae+/Ehly+/stx2 y stx2c(stx2vh-a)



eae+/Ehly+/stx2only






eae+/Ehly+/stx2 y stx2c(stx2vh-a)


eae+/Ehly+/stx2 only







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D

HUS

W/D

HUS

ground beef

HUS

HUS

D

HUS

water/ stream

D

BD

D

HUS

HUS

tierra

D

Contact

unknown

Contact

unknown

HUS

DS

HUS

D

HUS

meat

BD

HUS

D

HUS

D

HUS

D

Bovine meat

D

D

HUS

BD

unknown

D

HUS

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Cipolletti

Viedma

Bariloche

Cipoletti

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Lamarque

Cinco Saltos

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Cipolletti

Cinco Saltos

Bariloche

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Viedma

Cipolleti

Bariloche

Villa Regina

Cipolletti

Cipoletti

Cipolleti

Maquinchao

2003-04-22

2005-10-27

2002-10-07

2004-01-15

2004-04-29

2004-04-29

2004-11-03

2004-12-20

2004-01-15

2003-06-09

2003-06-09

2003-06-09

2004-01-27

2004-01-27

2003-12-19

2002-11-12

2005-05-04

2005-10-27

2005-10-27

2005-10-27

2004-04-29

2004-01-09

2005-05-04

2006-06-01

2005-12-05

2005-08-19

2004-05-28

2004-01-09

2003-06-09

2003-11-14

2002-11-12

2005-10-27

2006-06-01

2003-08-14

2004-06-19

2005-01-03

2005-12-22

2005-01-13

2003-04-22

2004-09-16

2004-01-27

2003-03-20

2005-01-19

2005-03-22

2004-03-24

2004-03-28

2004-12-04

2003-01-07

2003-01-15

2003-01-12

2004-01-18

2004-01-26

2005-04-27

2004-03-22

15/11/03

2004-12-20

2006-05-18

2005-11-21

2004-05-19

2003-12-25

2003-11-05

2005-09-19

2006-04-21

2002-12-26

2004-03-12

2004-12-26

2005-12-15

2002-11-15

2004-03-12

2004-01-26

Diversidad genética – Provincia de Río Negro

Dice (Opt:1.50%) (Tol 1.5%-1.5%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-98.3%]

PFGE-XbaI

10

0

PFGE-XbaI

1181/06

21/07

AREXHX01.0058

AREXHX01.0058

06MLEXH-11C

06MLEXH-11C

E. coli O157:H7

E. coli O157:H7

Stx2 (VT2)

Stx2 (VT2)

eae + / Ehly +

eae + / Ehly +

Sacristán Florencia

Sacristán Marcos

HUS

contact

0- 4

14

FEMALE

MALE

Htal Lucio Molas

Htal Lucio Molas

Catriló

Santa Rosa

La Pampa

La Pampa

2006-12-15

2007-01-04

2007-12-04

Muestra XbaI-PFGE Cluster/ Serotipo Toxina eae/ Nombre del Diagn. Edad Sexo Institución Localidad Provincia Fecha de Fecha deNº Outbreak Shiga EHEC-hly Paciente a-m-d Recepción Aislamiento

en FP

INFORME de cluster

Patrones idénticos por XbaI-PFGE detectados en La Pampa correspondientes a aislamientos STEC O157:H7 aisladas de una niña con SUH y un contacto con diarrea

Brote de STEC O157Brote de STEC O157Derivado para su estudio por Derivado para su estudio por

EpidemiologíaEpidemiología

Dice (Opt:1.50%) (Tol 1.5%-1.5%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-98.3%]

PFGE-XbaI

100

9590

PFGE-XbaI

247/07

255/07

254/07

246/07

234/07

AREXHX01.0200

AREXHX01.0200

AREXHX01.0200

AREXHX01.0440

AREXHX01.0086

.

.

.

.

.

eae+/Ehly+/Stx2only

eae+/Ehly+/Stx2only


eae+/Ehly+/Stx2only

eae+/Ehly+/Stx2-Stx2vh-a

4

4

4

4

2

BD

BD

HUS

BD

HUS

.

.

.

.

.

2- 3

3- 11

3- 6

1- 3

1- 8

FEMALE

MALE

MALE

MALE

MALE

San Martin de los Ande

San Martín de los Ande

San Martin de los Ande

San Martín de los Ande

Neuquén

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

07NQEXH-3

07NQEXH-3

07NQEXH-3

07NQEXH-3

Nº Cepa XbaI-PFGE Factores de Fagotipo Caso Edad Sexo Lugar Código de Brote virulencia

Dice (Opt:1.50%) (Tol 1.5%-1.5%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-98.3%]

PFGE-XbaI

100

PFGE-XbaI

06BC005123

25/02

279/00

467/03

535/01

58/01

667/02

698/04

73/02

88/02

AREXHX01-0057

AREXHX01-0057

AREXHX01-0057

AREXHX01-0057

AREXHX01-0057

AREXHX01-0057

AREXHX01-0057

AREXHX01-0057

AREXHX01-0057

BD

SUH

carne

SD

BD

BD

D

Carne picada bovina

SUH

2002

2000

2003

2001

2001

2002

2004

2002

2002

.

.

.

.

.

.

.

.

.

stx2/stx2vh-a

stx2+stx2vh-a

stx2+stx2vh-a

stx2

stx2/stx2vh-a

stx2

stx2+stx2vh-a

stx2only

stx2

+

+

+

+

+

+

+

+

+

+

+

+

+

+

+

+

+

+

.

.

.

.

.

MCFARLAND

BA

BA

Viedma

BA

BA

Me

BA

BA

Tucumán

Brote de Espinaca en EE.UUBrote de Espinaca en EE.UUConsulta del CDC - 2006 Consulta del CDC - 2006

STEC no-O157 – Importancia en ArgentinaSTEC no-O157 – Importancia en Argentina2006 - 20072006 - 2007

Total = 126 62/126 asociados a SUH

3 brotes: O145 (2) NT (1)

38 Serotipos detectados

Serotipos más frecuentes:

O145:NM (n=53, 42%) O26:H11 (n=12, 9.5%)O113:H21 (n=5, 4%)O103:H2 (n=4, 3.2%)O91:H21 (n=2, 1.6%)

STEC O145STEC O145•98 aislamientos de origen humano provenientes de diferentes localidades. 2002-2007

•73 patrones XbaI PFGE

•Patrones más frecuentes

AREXSX01.006 (n=8; 11%)AREXSX01.0124 (n=6; 8%)AREXSX01.0207 (n=5; 7%)AREXSX01.008 (n=4; 5,5%).

Patrones idénticos por XbaI-PFGE detectados en Neuquéncorrespondientes a aislamientos STEC O145:NM de contactos familiares de una niña con SUH.

Del caso índice no se pudo obtener el aislamiento del patógeno.

Dice (Opt:1.50%) (Tol 1.5%-1.5%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-98.3%]

PFGE-XbaI

100

PFGE-XbaI

1104/06

1105/06

1106/06

AREXSX01.0006

AREXSX01.0006

AREXSX01.0006

Contacto/hermana

Contacto/hermana

Contacto/padre

Htal. Prov. Heller

Htal. Prov. Heller

Htal. Prov. Heller

E. coli O145:NM

E. coli O145:NM

E. coli O145:NM

Neuquén

Neuquén

Neuquén

N° Cepa Patrón XbaI PFGE Serotipo Origen Procedencia

Metas 2008Metas 2008• Incorporar más activamente la aplicación de PFGE

como herramienta de vigilancia.• Ingresar los patrones de PFGE y datos de aislamientos

humanos en la Base de Datos Regional (aislamientos del período 2005-2007). Fecha propuesta de finalización: abril 2008

• Ingresar en tiempo real los aislamientos incorporados en la BDN a la BDR

• Realizar la prueba de competencia anual de geles y análisis remitida por el CDC, USA

• Análisis de los subtipos circulantes en cada región del país

• Asignación de nuevos códigos para STEC no-O157

Subtipificación Molecular para la Vigilancia de Salmonella y Escherichia coli productor de toxina...

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