Download - Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Transcript
Page 1: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 1Bases de datos: práctica 1

• El gen que causa la fibrosis quística fue clonadopor primera vez en 1989.

• Este gen codifica una proteína de membrana(parte de su cadena integrada en la membranade una célula).

• La función del gen (CFTR) es utilizar la energíaderivada del trifosfato de adenosina paraempujar iones cloruro fuera de la célula.

• La enfermedad consiste en un malfuncionamiento de ese mecanismo.

Page 2: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 1Bases de datos: práctica 1

Page 3: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 1Bases de datos: práctica 1

Page 4: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 1Bases de datos: práctica 1

Page 5: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 1Bases de datos: práctica 1

• Localizar en el listado de resultadosla secuencia AF162137.

• Localizar en el listado de resultadosla secuencia NM_000492.

Page 6: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 1Bases de datos: práctica 1

Page 7: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 1Bases de datos: práctica 1

Selecciona una secuencia relativa a cadauno de los siguientes organismos:

• Papio hamadryas anubis• Macaca nemestrina• Macaca fuscata• Mus musculus• Squalus acanthias• Oryctolagus cuniculus• Fundulus heteroclitus• Ovis aries

Page 8: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 1Bases de datos: práctica 1

Page 9: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 1Bases de datos: práctica 1

Page 10: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 1Bases de datos: práctica 1

Page 11: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 1Bases de datos: práctica 1

Page 12: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 1Bases de datos: práctica 1

Page 13: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 1Bases de datos: práctica 1

Page 14: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 2Bases de datos: práctica 2

Empleando lo visto en la práctica 1, conseguir la secuencia de la proteína responsable de la enfermedad de la aniridia humana.

Page 15: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 2Bases de datos: práctica 2

Page 16: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 3Bases de datos: práctica 3

• Vamos a buscar información sobre elántrax.

• Primeramente, buscamos bibliografía enPubMed.

• A continuación, buscar en Entrez anthrax,toxin.

• Utilizando un trozo de secuencia, haceruna búsqueda en BLAST para buscarsecuencias homólogas.

Page 17: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 3Bases de datos: práctica 3

• Buscar en OMIM información sobre laenfermedad.

• Analizar si existen genes conocidosresponsables de la esquizofrenia crónica(schizophrenia).

• Idem para el escorbuto (scurvy).• Para las enfermedades anteriores, intentar

conseguir secuencias de las proteínas quecodifican los genes implicados.

• Buscar secuencias homólogas en el ratón.

Page 18: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 4Bases de datos: práctica 4

Page 19: Bases de datos: práctica 1mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/practicas...Bases de datos: práctica 1 •El gen que causa la fibrosis quística fue clonado por primera vez

Bases de datos: práctica 4Bases de datos: práctica 4