CAR
http://acarus.uson.mx/cursos2013/car.htm
Sistemas de CAR en la UNISON
Responsable :
María del Carmen Heras Sánchez
Asesores Técnicos :
Aracely Dzul Campos
Daniel Mendoza Camacho
Yessica Vidal Quintanar
http://acarus.uson.mx/
http://acarus.uson.mx/
Practicas de Ejecución de Software
Uso Software en Mezquite
• Gaussian 09 Rev. B.01• NwChem 6.1• Matlab R2010b
Script Gaussian 09 - Mezquite
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l walltime=4:00:00
#PBS -N g09-test
#PBS -q rack1
#PBS -k eo
SCRATCH_DIR=/scratch/${USER}/${PBS_JOBID}
mkdir -p $SCRATCH_DIR
export GAUSS_SCRDIR=$SCRATCH_DIR
cd $PBS_O_WORKDIR
export GAUSS_LFLAGS="-v v -nodelist \"$(uniq $PBS_NODEFILE | xargs)\""
export g09root=/usr/local
source /usr/local/g09/bsd/g09.profile
g09 < test941.com > test941.log
rm -rf $SCRATCH_DIR
NWChem 6.1 - Mezquite
Asegurarse de tener el archivo .nwchemrc en HOME
nwchem_basis_library /home/nwchem-6.1/data/libraries/
nwchem_nwpw_library /home/nwchem-6.1/data/libraryps/
ffield amber
amber_1 /home/nwchem-6.1/data/amber_s/
amber_2 /home/nwchem-6.1/data/amber_q/
amber_3 /home/nwchem-6.1/data/amber_x/
amber_4 /home/nwchem-6.1/data/amber_u/
spce /home/nwchem-6.1/data/solvents/spce.rst
charmm_s /home/nwchem-6.1/data/charmm_s/
charmm_x /home/nwchem-6.1/data/charmm_x/
Script NWChem 6.1 – Mezquite
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l walltime=4:00:00
#PBS -N nwchem-test
#PBS -q rack1
#PBS -k eo
#PBS -V
export NCPUS=$(wc -l < $PBS_NODEFILE)
cd $PBS_O_WORKDIR
source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
module load nwchem-6.1
mpirun -n $NCPUS -f $PBS_NODEFILE nwchem h2o.in > h2o.out
Uso de Software en Ocotillo
• Gaussian 09 Rev. B.01• NWChem 6.0• Quantum Espresso 5.0.2 GPU
Script Gaussian 09 - Ocotillo#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l walltime=4:00:00
#PBS -N g09-test
#PBS -q q128d
SCRATCH_DIR=/tmp/${USER}/${PBS_JOBID}
mkdir -p $SCRATCH_DIR
export GAUSS_SCRDIR=$SCRATCH_DIR
cd $PBS_O_WORKDIR
export GAUSS_LFLAGS="-v v -nodelist \"$(uniq $PBS_NODEFILE | xargs)\""
export g09root=/usr/local
source /usr/local/g09/bsd/g09.profile
g09 < test941.com > test941.log
rm -rf $SCRATCH_DIR
NWChem 6.0 - Ocotillo
Asegurarse de tener el archivo .nwchemrc en HOME
nwchem_basis_library /usr/local/Nwchem-6.0/data/libraries/
nwchem_nwpw_library /usr/local/Nwchem-6.0/data/libraryps/
ffield amber
amber_1 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_s/
amber_2 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_q/
amber_3 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_x/
amber_4 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_u/
spce /usr/local/Nwchem-6.0/data/solvents/spce.rst
charmm_s /usr/local/Nwchem-6.0/data/charmm_s/
charmm_x /usr/local/Nwchem-6.0/data/charmm_x/
Script NWChem 6.0 - Ocotillo
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l walltime=4:00:00
#PBS -N nwchem-test
#PBS -q q128d
export NCPUS=$(wc -l < $PBS_NODEFILE)
cd $PBS_O_WORKDIR
module load parallel_studio-2013
module load nwchem-6.0
module load mpich-3.0.2
mpirun -n $NCPUS -f $PBS_NODEFILE nwchem h2o.in > h2o.out
Script Quantum Espresso - Ocotillo
#PBS -l nodes=ibnodo2-7:ppn=2
#PBS -l walltime=48:00:00
#PBS -N quantum-test
export NCPUS=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}')
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load quantum/espresso-5.0.2-i
mpirun -np $NCPUS -hostfile $PBS_NODEFILE $BIN_DIR/pw-gpu.x < QE.in > QE.out
Software - Choya
• Matplot• Geany
COMO EJECUTAR MATPLOTLIB ?
Aplicación grafica -> Xming + Putty
Es necesario la interfaz pylab -> implementar el servidor de ventanas X, (Xming – 6.9.0.24.exe ) el cual lo puedes descargar de la página del Acarus: http://www.acarus.uson.mx/descargas/y ejecutarlo.
Después abrir una terminal con el putty pero antes de ingresar tienes que habilitar la siguiente opción para que te habilite el display: que se encuentra en la pestaña de SSH, la opción X11 y habilitas el recuadro de Enable X11 forwarding.
MatPlot
Se ejecuta con la opción ipython –pylab
Es un editor de texto pequeño y ligero con características básicas de entorno de desarrollo integrado (IDE). Utiliza librerías GTK para su funcionamiento. Está disponible para distintos sistemas operativos, como GNU/Linux, Mac OS X, BSD, Solaris y Microsoft Windows. Es distribuido como software libre bajo la Licencia Pública General de GNU.
Características:
Resaltado de sintaxis. Plegado de código.
Autocompletado. Cierre automático de etiquetas XML y HTML.
Muestra de consejos.Muchos tipos de archivos soportados tales como C, Java, PHP, Python, Perl, Pascal y más
Listas de símbolos. Código de navegación.
Fácil gestión de proyectos.Construir un sistema (conjunto de ejecuciones) para compilar y ejecutar el código
Soporte para plugins
Geany
Menú Construir opción Selecciona inclusiones y Argumentos
Ingresar en compilar : mpicc hola_mundo.c -o hola_mundo
Ingresar en ejecución:mpirun -np 4 ./hola_mundo
Ingresar en compilar : mpicc hola_mundo.c -o hola_mundo
Ingresar en ejecución:qsub script_mpi.pbs
qstatcat nombre_trabajo.o80 cat mpi_trabajo.o80
Top Related