Ecología Molecular – 2014 – TP1
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Ecología Molecular – 2015 – TP1
Marcadores moleculares
Región de Control (D-loop) del ADN mitocondrial del jurel Trachurus murphyi
- un azúcar de 5 carbonos – desoxirribosa- fosfato - uniones entre los azúcares- bases: purinas = adenina y guanina pirimidinas = timina y citosina
Muestreo
1. Extracción
2. Amplificación¿Y los partidores?
1 2
¿Existen secuencias de la D-loop de Trachurus murphyi?
3
1
1 2
Diseñar sus partidores propios:¿Existe una secuencia del genoma mitocondrial del género?
1
1
1
1
Busqueda de los partidores
1. Extracción
2. Amplificación
3. Secuenciación
H
L
AA C A C
T T G T G
T T G T G
AA C A C
AA C A C
GT G T T
AA C A C
T T G T G
AA C A C
AA C A C
R
F
5' 3'
5'3'
5' 3'
importar JREL2-TRNA-F.ab1
PROcessor of SEQuences (ProSeq)
(c) 1999 - 2007 by Dmitry Filatov,
http://www.biology.ed.ac.uk/research/institutes/evolution/software/filatov/proseq.htm
H
L
AA C A C
T T G T G
AA C A CF
5' 3'
5'3'
H
importar JREL2-TRNA-R.ab1
AA C A C
GT G T T
AA C A C
GT G T T
5' 3'
5' 3'
AA C A C
T T G T G5'3'
5' 3'
Reverse
AA C A C
AA C A C5'3'
5' 3'
Complemente
Emsamblar secuencias:
JREL12-TRNA-F.ab1 con JREL2-TRNA-R.ab1
1. Invertir la secuencia complementaria
2. sobreponer
3. fusionar
Alineamiento de las secuencias F y R
I Insertar un espacio
I Insertar un espacio
Eliminar base(s)
Alineamiento de secuencias
1. Importar todas las secuencias F
2. Alinear
3. Cortar las extremidades
4. Verificar cada mutación
Pero ustedes tienen esto…
Y luego de alinear (ctrI)
Y del otro lado…
Cortar las extremidades
Revisar las secuencias alignadas
Polimorfismo
Aprob
ado
Estadísticas para caracterizar la variación del ADN
1) Número de sitios polimórficos S
2) Número de alelos diferentes (haplotipos) K
3) Diversidad H = 1 - pi2 (pi
2 : frecuencia del haplotipo i)
4) Número promedio de diferencias entre 2 secuencias
Abrir jurel.nex
Calcular los índices de diversidad (S, K, H, Π)
1
1
Abrir el archivo: Jurel1pop.arp
1
13
2
3
1
2
Secuencias Fabiola
1. ¿Qué son estas secuencias? (organismo, gen)
1. ¿Existe sitios variables entre estos individuos?
1. ¿Algo que comentar…?
AAAACAATGAAAAGAATG
¿Genotipos para cada individuos?
ARD4 TG/TG
ARD5 CC/CC
ARD6 TG/CC – TC/CG
ARD16 CC/CG
Solución más parsimoniosa
3 haplotipos
Microsatélites o SSR
(Single Sequence Repeats)
Locus Motivo repetido Tamaño del alelo
7F12 (AC)29180 bp
7D3 (AG)4AT(AG)12276 bp
Frecuencias alélicas e índices de diversidad
Abrir el archivo: micro1pop.gtx
1
2
3
1