Como sabemos, Las auditorias son procesos individuales de consulta, investigación, exploración y estimación; el cual busca mejorar el flujo de los procesos administrativos u operativos de una o varias áreas de un sistema informático en general. Por otro lado y sin salir del tema, hay que recordar que la auditoria ayuda a cumplirlos objetivos de una organización, aportando un escenario de orden, una planificación y por su puesto su verificación.

Conociendo esto, podemos determinar las ventajas de la auditoria informática que son las de: Facilitar una ayuda primordial a la dirección al evaluar de forma independiente los sistemas de organización y de administración, Facilita la una evaluación global y objetiva de los problemas de la empresa. Debido a que el auditor permanece conoce las problemática, funciones, actividades, áreas y operaciones.

El informe que rinde el auditor, independientemente del resultado, es solo de carácter interno y por lo tanto no sale de la empresa, ya que únicamente le sirve a las autoridades de la institución.

Puede llevar un programa concreto de evaluación en apoyo a las autoridades de la empresa, lo cual ayudara a sus dirigentes en la evaluación y la toma de decisiones.

En su realización, estas auditorías pueden estar apoyadas por una mayor experiencia por parte de los auditores externos, debido a que utiliza técnicas y herramientas que ya fueron probadas en otras empresas con características similares.

Sus dictámenes pueden ser válidos para las autoridades impositivas, y con ello pueden satisfacer requerimientos de carácter legal, siempre que sean realizadas por auditores de prestigio que tengan el reconocimiento público.

Estas ventajas se resumen en obtener un conocimiento de la organización a evaluar, con especial énfasis en sus procesos informáticos basados en evaluaciones administrativas realizadas a los procesos electrónicos, sistemas y procedimientos, equipos de cómputo, seguridad y confidencialidad de la información, y aspectos legales de los sistemas y la información.

Al igual que ventajas la auditoría tiene una serie de desventajas tales como: la posible Falta de elementos en los almacenes de repuestos informáticos hardware, cables de red etc.

Posible falta de objetividad de las personas que la llevan a cabo, puesto que pueden estar directamente implicados en el propio sistema de información, al laborar en la misma empresa donde realiza la auditoria, puede presentar presiones, compromisos y ciertos intereses al realizar la evaluación.

Su veracidad, alcance y confiabilidad pueden ser limitados, debido a que puede haber injerencias por parte de las autoridades de la institución sobre la forma de evaluar y emitir informes.

Se pueden presentar vicios de trabajo del auditor con relativa frecuencia, ya sea en las formas de utilizar las técnicas y herramientas para aplicar la auditoria, como en la forma de evaluar y emitir su informe sobre la misma.