MEDICAMENTOSINNOVADORES

Instituto Nacional de Bioinformática(una plataforma de Genoma España)

Oferta de workshops

II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores

4 de julio de 2006

Un Instituto Virtual

Bioinformatica IntegrativaO.Trelles – U. Malaga

Analisis de GenomasR.Guigo – IMIM/CRG

Estructura ProteinasM-Orozco – PCB

Nodo Computacional 1J. L. Gelpi - BSC

Nodo Computacional 2J.M. Carazo – PCM

Nodo CentralFuncion de proteinasA.Valencia –CNIO

GenomicaFuncionalJ.Dopazo –CNIO > CIPF

TrainingF.Sanz - UPF F. Martin ISCIII, F. Moran UCM

Nodo de compañiasRamon Alonso Allende BIOAlmaAlbert Villafranca eBioIntelIsabel Duran Applied Biosystems

Variabilidad GeneticaTo be organized

II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores

4 de julio de 2006 Problem ProteinAnnotation

Neighbor GroupsAnnotation

SequenceSpace

Query Protein

BLAST

A. Homology Search

B. Sequence Space Mapping

C. Automatic identification of groups. Clustering.

ISS

D. Annotation

Sistemas de Dos Componentes enStreptomyces coelicolorJF Martin (NV2)

by Osvaldo GrañaCNB-CSIC / U. Leon

II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores

4 de julio de 2006

ProjectsTranscriptional analysis of HNF1a, Jordi Ferrer , Hospital Clinic, Barcelona

Identification of Genes and Molecules Associated to Tomato Fruit Quality and Participation in the Sequencing of Euchromatic Regionsof Chr9. A Genomic Approach (ESP-SOL, ESP-SOL Consortium; Coordinator Antonio Granell, Institute of Plant Molecular and Cellular Biology(Instituto de Biología Molecular y Celular de Plantas) (IBMCP), CSIC-UPV, Valencia.

Data mining of gene transcriptomes of trxG, Montserrat Corominas Genetics Department, Biology Faculty, Barcelona University

Analysis of copy number alterations in cancer through the use of Array-CGH and expression microarrays. , J. C. Cigulosa, MolecularCytogenetics Group, CNIO

Study of the specific and global regulatory pathways of Streptomyces coelicolor (SCO) related to the production of antibiotics, JP Martin,U. Leon

Comparative Genome analysis of Aspergillus , M.A. Peñalva, CIB Madrid

Selection of SNPs for high-throughput genotyping studies, Switch Laboratory, Flanders Interuniversity Institute for Biotechnology, Vrije BrusselUniversity (Vrije Universiteeit Brussel), Brussels, Belgium; J. Schymkowitz (PI), J. Reumers, and F. Rousseau; Endocrine Cancer Group, CNIO, Madrid;M. Robledo (PI), A. Cascon, and F. Ruiz-Lloerente.

Integration of microarray data analysis and functional annotation tools into the shared genomic platform of the citric and watermelonSpanish genomic projects., IBMCP, CSIC-UPV, Valencia, Spain; J. Forment; COMAV-UPV, Valencia, Spain; J. Blanca

Aphid Genome, Complete sequencing of the nuclear genome of the aphid Acyrthosiphon pisum. This project is mainly supported by NIH. Participants:Sequencing: Baylor College, USA., Annotation: Consortium of different INRA groups (France), the Cavanilles Institute, Valencia University (InstitutoCavanilles, Universidad de Valencia) (Spain), and INB (Spain)

Genomic study of diabetes , A.Dopazo, CNIC

Structural genomics in cancer, A.Ramirez, CBM

ProteoRed, JP Albar, ProteRed, a GE Platform.

SysMO Framework: Systems Analysis of Biotechnological Process-Induced Stresses: Towards A Quantum Increase in ProcessPerformance in the Cell Factory Pseudomonas Putida, K. N. Timmis, National Research Centre for Biotechnology, Braunschweig, GermanySpanish party in SysMO proposal: CSIC (Diaz, Ramos, Ferrer, de Lorenzo) and the National Bioinformatics Institute (Valencia, Moran)Improvement of the production in Aquiculture using Biotechnology Methods. (Aquagenomics). , Consolider Project 2006-0079, Consolider-Ingenio Programme 2010, MEC, SpainSequencing of the microbial community of the rhizosphere of the Tinto River (Spain), a natural rock drainage environment. , Dr. JoséEduardo González-Pastor (Astrobiology Centre -Centro de Astrobiología-, Madrid. Spain, with the collaboration Manuel Gómez.

II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores

4 de julio de 2006

Propuesta de workshops:Temas

• Workshop 1. Bioinformática. Manejo e integración deinformación en bases de datos moleculares (genómica,genómica funcional y proteómica, variabilidad) y bases dedatos sobre enfermedades.

• Workshop 2. Química médica. Métodos computacionales enel diseño y desarrollo de medicamentos. Cribado y cribadovirtual, diseño molecular, ADME. Formatos y métodos deintercambio de información.

• Workshop 3.- Informática en investigación clínica.Información sobre ensayos clínicos, seguimiento depacientes.

II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores

4 de julio de 2006

Workshop 1 Bioinformática.

Manejo e integración de información en bases de datosmoleculares (genómica, genómica funcional yproteómica, variabilidad) y bases de datos sobreenfermedades.

• Extracción de información de textos (anotación y extracciónautomática de información)

• Ontologías en biología y biomedicina.• Formatos y métodos para el intercambio de información y

ejecución remota.• Bases de datos de enfermedades (OMIM, ICD y otras)

Coordina Joaquín Dopazo (CIPF) + FI

II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores

4 de julio de 2006

Workshop 2.Química médica.

Métodos computacionales en el diseño y desarrollo demedicamentos.

• Químiotecas, su anotación y cribado (screening) virtual• Diseño de fármacos basado en la estructura molecular• Estrategias quimiogenómicas• Predicción in silico de ADMET• Bases de datos públicas y privadas en I+D de

medicamentos• Estrategias de integración y federación.

Coordina Ferrán Sanz (UPF-GRIB) + FI

II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores

4 de julio de 2006

Workshop 3.- Informáticaen investigación clínica

• Datos clínicos: acceso, repositorios y sistemas de codificación.• Seguimiento de pacientes. Modelos de Historia Clínica.• Sistemas de información en ensayos clínicos: Redes de

Investigación Clínica – NIH, Toxicología• Minería de datos y síntesis de resultados de ensayos multiples• Experiencias piloto en integración de datos moleculares:

PharmGKB, HL7 Clinical Genomics Special Interest Group• Sistemas de información para Farmaco- vigilancia / epidemiología• Protección de datos y Aspectos éticos.• Apoyo a la comunicación con las Agencias Reguladoras• Publicación de ensayos clínicos en la literatura y en la web

Coordina Fernando Martín (ISCIII) + FI

II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores

4 de julio de 2006

Propuesta: Comisión detrabajo

Estudio de las herramientas y sistemas de integración deinformación.

• Estudio de casos reales.• Ejemplos de herramientas y plataformas existentes en el

sector privado y publico.• Posibles alternativas de integración.

Documento conclusión con una(s) propuesta(s) deimplementación

Coordina Oswaldo Trelles (U. Málaga)

II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores

4 de julio de 2006

Carácterísticas de losWorkshops

Promovidos desde el INB (experto INB + representante FI)

Dirigidos a: industria farmacéutica y biotecnológica, mundo clínico,centros de investigación y universidades con actividad en estesector.

Organización:• Dotación presupuestaria INB y GE.• Máximo de 20 participantes• Duración de una jornada de trabajo.

- sesión de mañana con 3-4 ponencias de carácter formativo(i.e expertos extranjeros)- sesión de tarde con mesas redondas, talleres y/o sesionesprácticas sobre las tecnologías disponibles.

• Documento conclusión sobre necesidades/posibilidades

II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores

4 de julio de 2006

Coordinación de propuestas

WS3: Informática Médica

WS1: Bioinformática

WS2: Química Médica

Grupo trabajo:

herramientas integración

Workshop:

Propuestasen KM

II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores

4 de julio de 2006

Nodo de Empresas Asociadas

Empresasasociadas INB:

Marco de colaboración:• Publicación del porfolio de

productos y servicios comoparte de la oferta INB

• Integración de susactividades deinvestigación

• Colaboración en laplataforma tecnológica INB

• Representación en elconsejo de dirección INB

Para ver esta película, debedisponer de QuickTime™ y deun descompresor TIFF (LZW).

Para ver esta película, debedisponer de QuickTime™ y deun descompresor TIFF (LZW).

II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores

4 de julio de 2006

Socios del INB

Bioinformáticos(grupos pequeños)

• Recursos (software y hardware)• Especialización y formación

Proyectos de genómicay plataformas

(El problema del bioinformático aislado)• Análisis integrados• Protocolos establecidos para análisis• Acceso a expertos

Biólogos• Acceso a servicios integrados• Facilidad de acceso a lasactividades de formación

Compañías• Portafolio (productos, servicios)• Participación en los proyectos• Acceso a expertos y formación

Consorcios internacionales• Partners con experiencia contrastada

II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores

4 de julio de 2006

INB access and collaboration

Model ProjectsStreptomyces (Martin)Drosophila (Corominas)Pancreas (Real / Ferrer)

Platforms / HT projectsProteored (Albar)ESP-Sol (Granell)

AssociationsCompaniesNetworks

Resources Computational resources

BSC Marenostrum / othersPCB (SG)

Systems DAS / Biomoby / Others Security / control

Access protocol Casual users (web access) Programmers (embed services)

Workflows for projects Bioinformaticians

Computational demand Associated groups / HP facilities

II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores

4 de julio de 2006

Access protocol

Application with a description of the project (biology) andinitial technical / scientific demand ( software, resources)and the availability or not of bioinformaticians associatedto the project.

Criteria for selecting projects are:•The quality of the global project•The relevance of the INB contribution to the projectobjectives•The technical appropriateness of the INB infrastructure.

- 1 week viability evaluation.- Organization of a working plan/ grant applicationincluding cost and time estimates