Mercedes Pardo Belenguer Unidad de Genética … · genéticas que condicionan la respuesta a...

Valoración genética de

portadores de enfermedades

hereditarias: estudio genético

preconcepción.

Mercedes Pardo Belenguer

Unidad de Genética Reproductiva

80 genes Cáncer

229 genes Osteopatías

79 genes Hipoacusias

285 genes Enfermedades neurológicas

505 genes Discapacidad

intelectual

196 genes Cardiopatías hereditarias

2 genes Cáncer de mama

320 genes

B I O M É D I C A

Alteraciones

genéticas que

condicionan la

respuesta a

fármacos

Estudio de las enfermedades hereditarias: Agrupando genes

El proceso reproductivo

Preimplantación Prenata

l

Posnat

al

¿Qué es

Preconception

GeneProfile®?

• Es un estudio mutacional dirigido.

MutaciónGenEnfermedad

• Realizado a los futuros progenitores

biológicos.

• Establecemos el estatus de “portador/a”,

o “no portador/a” de determinadas

enfermedades de herencia autosómica

recesiva o ligadas al cromosoma X.

¿A quién va

dirigido

Preconceptio

n

GeneProfile®

?

• Parejas con un proyecto

reproductivo.

Riesgo

Genético !

• Parejas, o personas solas, en

programas de donación de

gametos, que requieren de un/a…

Donante

Idóneo !

• Parejas consanguíneas.

Donantes de

gametos:

Los donantes de gametos se consideran (RD

9/2014): “donante vivo de células reproductoras humanas para uso alogénico”

• Reducir el riesgo para la salud de

terceros.

• Evaluación carga genética (A.R).

• Grupo étnico del/la donante.

• Riesgo de enfermedades hereditarias.

• Presentes en la familia de la donante.

Documentos

de

consenso:

Recomendaciones (estudios mínimos):

• Cariotipo a todo/as lo/as donantes.

• Enfermedades con herencia recesiva.

Enfermedad Origen étnico Tasa de

portadores

*

Fibrosis quística Cualquiera. 1/20

α y β talasemia Mediterráneo, oriente medio,

suroeste asiático, sur del

Pacífico y sur de China.

1/20-30

Anemia falciforme Africano, afroamericano y

caribeño.

1/15

Enfermedad de Tay-

Sachs

Este de Europa (judío). 1/29

*Fuente: http://www.orpha.net/

2007

Manual de Recomendaciones de

la SEF con la colaboración de

ASEBIR, ASESA y SEC. Screening

de donantes.

Enfermedades A.R (étnia):

• Fibrosis quística

• Enfermedad de Tay-

Sachs

• Enfermedad de Gaucher

• Síndrome del X-frágil

2007 ESHRE position paper on the EU

Tissues and Cells Directive

EC/2004/23.

Trastornos recesivos más

prevalentes.

2008

UK Guidelines for medical and

laboratory screening of sperm,

egg and embryo donors (2008).

Trastornos mendelianos y

cromosómicos.

Enfermedades A.R:

• α y β-talasemia

• Anemia falciforme

• Enfermedad de Tay-

Sachs

• Fibrosis quística

2013

Recommendations for gamete

and embryo donation: a

committee opinion.

Enfermedades

mendelianas:

A.D, LX

A.R (étnia)

• Malformaciones

poligénicas.

• Enfermedades familiares

de base genética.

• Anomalías en el

cariotipo.

Documentos

de

consenso:

http://nuevo.sefertilidad.com/index.php

Documentos

de

consenso: • Tenemos que evitar la trasmisión de enfermedades de

base genética a la descendencia de lo/as donantes.

• Todas las recomendaciones son generales (normas de

mínimos).

• Lo importante es establecer el riesgo genético para la

descendencia.

En resumen

…

Riesgo genético

Individuo (donante)

Familia

Étnia

Población general

Riesgo genético

Riesgo genético

ᴥ Más cobertura

ᴥ Más rápido

ᴥ Más barato...

Los laboratorios de Genética estamos en una carrera:

Pero…

ᴥ ¿Qué enfermedades?,

ᴥ ¿Qué mutaciones?,

ᴥ ¿Existe un criterio médico?,

ᴥ ¿Existe un criterio técnico?...

Riesgo genético

Riesgo genético

¿Para qué queremos que sirva nuestro estudio

genético “masivo”?

ᴥ Que excluya todos los riesgos.

ᴥ Que excluya los riesgos más probables.

ᴥ Nos da igual, que excluya algo...(pero que excluya)!!

Documentos de

consenso:

ᴥ Deberían incluir enfermedades prevalentes graves

(beneficencia).

ᴥ Las enfermedades de expresividad variable, penetrancia

incompleta y fenotipo suave sería opcional (no maleficencia).

ᴥ Enfermedades de aparición tardía, sólo si el probandus

manifiesta su consentimiento expreso (autonomía y no

maleficencia).

ᴥ Variantes de significado incierto están contraindicadas en

población asintomática (incertidumbre).

ᴥ Los documentos de publicidad e información deben explicar

claramente:

- trastorno estudiado

- gen causal

- mutaciones estudiadas

- frecuencia en la población

- riesgo residual subyacente en caso de resultado negativo

(“falsa sensación de seguridad”).

ᴥ Deben cumplir estándares de calidad: control de calidad y

capacitación del estudio.

Documentos de

consenso:

Criterios de

selección de las

enfermedades:

ᴥ Enfermedades monogénicas de herencia recesiva o

recesiva ligada al cromosoma X.

ᴥ Enfermedades crónicas, severas y/o progresivas con

afectación sensorial, motora o intelectual.

ᴥ Se incluyen trastornos cardíacos, cutáneos, del desarrollo,

endocrinos, gastroenterológicos, hematológicos, hepáticos,

inmunológicos, metabólicos, neurológicos, oculares,

renales, respiratorios y esqueléticos.

ᴥ Prevalencia > 1/100.000 nacidos.

ᴥ Mayor incidencia en urgencias pediátricas (padres

asintomáticos).

ᴥ Mayor incidencia muerte neonatal.

ᴥ Mayor incidencia muerte intraútero.

ᴥ Incluidas en estudios neonatal ampliados (“prueba del

talón”).

Criterios de

selección de las

enfermedades:

NO cumplen los criterios:

ᴥ Enfermedades de herencia dominante o

mitocondrial.

ᴥ Enfermedades poligénicas.

ᴥ Variantes relacionadas con enfermedades

benignas.

ᴥ Variantes asociadas a la predisposición a

determinados tipos de cáncer u otros fenotipos.

ᴥ Variantes relacionadas con rasgos físicos no

patológicos.

ᴥ Variantes de significado incierto o sin evidencias

clínicas sobre su efecto patogénico.

http://www.sgreproduccion.com/index.php/es/

Información

completa

http://www.sgreproduccion.com/index.php/es/

Información

completa

¿Cómo se

estudian las

enfermedades

?

Técnica 1: NGS, next generation sequencing

modalidad: captura, resecuenciación dirigida

Técnica 2: TP-PCR

Técnica 3: MLPA

Todas las variantes han sido descritas en la

HGMD® (Human Gene Mutation Database) y

comprobadas en ClinVar y dbSNPs, y han sido

publicadas previamente como causales.

NGS Next generation sequencing

¿Cómo se

estudian las

enfermedades

?

TP-PCR MLPA Triplet Repeat Primed PCR Multiplex ligation-

dependent probe

amplification

• Variantes puntuales

(nucleótido único)

• Deleciones < 11 pdb

• Inserciones < 5 pdb

> 30.000 variantes

• Deleciones >

11pdb en:

DMD (DM

Duchenne) SMN1

(AME)

• Expansiones de

trinucleótidos en

tándem en :

FMR1 (X frágil)

FXN (Ataxia

Friederich)

Ninguna detecta anomalías cromosómicas: indicado el cariotipo !

5’

Elementos

reguladores Regiones

flanqueantes

Exón 1 Exón 2 Exón 3 Intrón 1 Intrón 2

GT AG GT AG

Codón

de

inicio

Inicio de la transcripción

Codón de

parada

3’

¿Cómo se

estudian las

enfermedades

?

¿Dónde están las mutaciones?

5’

Elementos


flanqueantes


GT AG GT AG

Codón

de

inicio


Codón de

parada

3’

¿Cómo se

estudian las

enfermedades

?

5’

Elementos


flanqueantes


GT AG GT AG

Codón

de

inicio


Codón de

parada

3’

¿Cómo se

estudian las

enfermedades

?

• Regiones reguladoras

• Exones

• Intrones

• Zonas intermedias exón-intrón

• Regiones flanqueantes

¿Se puede

aplicar

clínicamente?

Gestión de los

casos

Escenario 1: parejas

Gestión de los

casos

Informe completo de los hallazgos :


Gestión de los

casos


Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ

Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ

Gen $

Gen‡

Gen†

Genƒ

Gen £

Gen ¥*

Gen €* Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Gestión de los

casos


Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ

Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ

Gen $

Gen‡

Gen†

Genƒ

Gen £

Gen ¥*

Gen €* Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Pareja de alto riesgo genético

Asesoramiento genético preconcepción

Gestión de los

casos


Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ

Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ

Gen $

Gen‡

Gen†

Genƒ

Gen £

Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Pareja de bajo riesgo genético

Gestión de los

casos


Gestión de los

casos


Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ

Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ

Gen $

Gen‡

Gen†

Genƒ

Gen £

Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Pareja de bajo riesgo genético

“Riesgo residual”

Gestión de los

casos

Gestión de los

casos


“Riesgo residual” (por individuo)


Gestión de los

casos

Escenario 2: donantes

Gestión de los

casos


Donantes de ovocitos

Gestión de los

casos


Donantes de ovocitos

Gen ¥*

Gen €* Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Gestión de los

casos

Donante

idónea


Gen ¥*

Gen €* Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Gestión de los

casos

Gestión de los

casos



Donante

idóneo

Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ

Gen $

Gen‡ Gen†

Genƒ

Gen £

Gen ß

Gen £

Gen Ž

Gen Œ

Gen $

Gen‡

Gen†

Genƒ

Gen £

Gestión de los

casos

https://imagenomics-dev.sgnet.local/GeneSystemsPortal

Gestión de los

casos




Gestión de los

casos

En resumen…

ᴥ Únicamente se estudian variantes descritas como

patogénicas (HGMD®, ClinVar, dbSNP, Alamut).

ᴥ Se estudian los genes de forma completa: exones,

intrones, elementos reguladores, regiones

flanqueantes, regiones intron/exón.

ᴥ Se estudian todos los transcritos: ARN canónicos

e isoformas.

ᴥ Se complementa con técnicas alternativas: TP-

PCR, MLPA.

ᴥ Información individualizada del riesgo residual.

ᴥ Exhaustiva validación clínica: muestras control,

HapMap, 1000genomes, HGMD.

ᴥ Indentificación del/la “donante idóneo”: Match-

Gene®.

Prenata

l

SCREENING PRENATAL NO INVASIVO

Preimplantación Posnat

al

Baby Test Plus

• Baby test Plus es una prueba de

cribado no invasiva cuyo fin es la

detección de aneuploidías fetales.

• Se realiza en ADN circulante, que

contiene una fracción de ADN fetal,

obtenido a partir de una muestra de

sangre de la mujer embarazada

entre las semanas 10 y 15 de

gestación.

• Baby Test Plus analiza las 24

parejas de cromosomas fetales y

determina el riesgo de que el feto

pueda ser portador de

aneuploidías, principalmente las

más frecuentes: trisomía de

autosomas 13, 18 y 21, y

aneuploidías de los cromosomas

sexuales X e Y.

TIEMPO TOTAL: 10 DÍAS

Toma de muestra

Separación plasma y

Extracción ADN

NGS

BIOINFORMÁTICA

INFORME UGM

Resultado de “alto riesgo”:

Aplicación de métodos de diagnóstico prenatal

invasivo

Cribado Genético semanas 10-15

gestación:

• Tasa de detección (sensibilidad): >99%

• Tasa de Falsos Positivos: <1%

0.2% y hasta el 5% dependiendo del tipo

de tecnología utilizada

Cribado bioquímico combinado de 1º

trimestre:

• Tasa de detección (sensibilidad): 85%

• Tasa de Falsos Positivos: 5%

Juan Carlos Triviño Pardo Guillermo Marco Puche Oscar Rodriguez Cruz Garikoitz Legarda Cristóbal

Victoria Fernández Pedrosa Carmen Collado Micó Raquel Rodríguez de Pablos Ángela Arilla Codoñer Victoria Oviedo Capilla

Xavier Vendrell Rosa Bautista Merche Pardo Empar Raga Andrea Oller Elena García Cristina Sánchez Raquel Tena Paloma Ferrer

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