Orgenes (ca. 183-254) contina la obra de Clemente y la supera. En el prefacio del Peri Arkhon expone su mtodo y su intencin cientfica: Se trata de constituir un cuerpo de doctrina coherente y fundado a partir de los contenidos de la Revelacin pero sirvindose de la razn cuanto sea necesario, ya para establecer bases filosficas, ya para examinar, analizar, deducir, probar y descubrir analogas naturales. El fundamento de la doctrina mstica de Orgenes es la concepcin de Filn en su Comentario alegrico de las leyes santas (ed. Brhier, 23-24) a los dos primeros cap. del Gnesis, segn el cual hubo una doble creacin del hombre, uno celeste e inmaterial y otro terrestre y corpreo.

Orgenes estaba tan lejos de profesar el dualismo antropolgico de los gnsticos (verdadero fundamento del concepto de gnosis) que aun aceptando la concepcin filnica interioriza a estos dos hombres y los unifica en el individuo humano: uno es el hombre interior, que se renueva cada da y que es capaz de gracia, de contemplacin y de caridad y el otro es el hombre psquico y sensorial que se debilita y se corrompe; a esta dualidad dentro del hombre corresponden dos inteligencias, psihk y nos y dos clases de amor, eros y agap respectivamente (cfr. A. Nygren, Eros et Agap, Pars 1944). En la obra Homilas in Numeros (XXVII), Orgenes establece la primera escala de grados de purificacin mstica en la historia del pensamiento cristiano. En la ltima etapa, el alma est en dilogo abierto con el Esposo (Dios), le ve, le oye, le huele, le toca y le habla, y esta vivencia constituye la verdadera gnosis (cfr. Homilas sobre el Cantar de los Cantares).

No cabe duda que este concepto de gnosis como experiencia mstica, supera el concepto notico de Clemente, en lo que tiene de vivencia y se acerca algo al concepto de Valentn y del Poimandres; en este caso slo Orgenes podra ser conceptuado como verdadero gnstico cristiano, mas entonces tambin todos los msticos lo seran. La discriminacin entre gnosis y experiencia mstica no ha de fundarse tanto en el momento vivencial cuanto en el contenido de la experiencia, y ste difiere radicalmente en Orgenes, y en los msticos, del contenido de la gnosis propiamente dicha de Baslides, de Valentn y de las ms sectas, que implica siempre un parentesco emanatstico y sustancial con el Plrma divino.