Modelos gráficos para detección de loci de susceptibilidad en enfermedades complejas Nuria Medina...
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Modelos gráficos para detección de loci de susceptibilidad en enfermedades complejas
Nuria Medina MedinaRosana Montes Soldado
María del Mar Abad Grau
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Enfermedades complejas
Ej: diabetes mellitus, cardiopatía isquémica, asma, cáncer, obesidad, esclerosis múltiple, etc.
Enfermedad compleja
G1
G2
Gn
G3. . .
E1
E2
Em
E3
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Métodos de identificación de
variaciones genéticas en
enfermedades complejas
(Burton et al. 2005)
F
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rent
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Fam
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Métodos de identificación de
variaciones genéticas en
enfermedades complejas
(Burton et al. 2005)
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Riesgos de recurrencia
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Métodos de identificación de
variaciones genéticas en
enfermedades complejas
(Burton et al. 2005)
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Heredabilidad
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Gemelos monozigóticos y dizigóticos
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Estudios de adopción
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Métodos de identificación de
variaciones genéticas en
enfermedades complejas
(Burton et al. 2005)
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Análisis de Segregación
¿Hay genes de gran influencia? Estimación del modelo de herencia de un
fenotipo Modelos de herencia complejos: menos
usados Alternativas:
Estudios de ligamiento no paramétricos y otros estudios de genoma (desde la secuenciación genética)
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Métodos de identificación de
variaciones genéticas en
enfermedades complejas
(Burton et al. 2005)
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Estudios de genoma Estudios (intra) familiares
Análisis de ligamiento Estudios poblacionales
Individuos no emparentados Estudios de asociación Mapeo del desequilibrio de ligamiento
Individuos emparentados Test de haplotipos de riesgo (HRR) Test de distorsión de la trasmisión (TDT)
•Directos•Indirectos
•Genoma completo
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Estudios de ligamiento y poblacionales indirectos
Objetivos: Búsqueda de determinantes genéticos mediante la acotación de zonas de asociación
Conceptos clave: Estudios de ligamiento (bajo acotamiento): ligamiento Estudios poblacionales indirectos (alto acotamiento):
desequilibrio de ligamiento
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Meiosis
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Recombinación genética por entrecruzamiento
Ligamiento
Factor de recombinación θa,b:Probabilidad de recombinación en la meiosis entre loci a y b
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Conceptos basados en la recombinación genética Ligamiento (familia): cuando alelos en dos loci
distintos pasan juntos a los gametos de forma más frecuente de lo esperado
Desequilibrio de ligamiento (DL) o asociación alélica (población): cuando en una población, alelos en dos loci distintos pasan juntos a los gametos de forma más frecuente de lo esperado
DLa,b
ligamientoa,b
1
DL
distancia 500 kb
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Métodos de identificación de
variaciones genéticas en
enfermedades complejas
(Burton et al. 2005)
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Árbol de haplotipos en un análisis de ligamientoparamétrico para una enf.mendeliana dominante
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Análisis del Ligamiento
θenf,marcador
más verosímil
•Paramétrico: enfermedades mendelianas
•Heterogeneidad genética•No paramétrico: enfermedades
complejas•Idea: más haplotipos comunes entre afectados emparentados (IBD) cerca de un gen de susceptibilidad•Tipos:
•Pares de hermanos afectados•Varios hermanos•Distintos parentescos
•Genehunter, Allegro
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Construcción de mapas genéticos o de ligamiento Estimación de Ɵa =Ɵa,a+1 para cada par de posiciones consecutivas Algoritmo EM (Genehunter, Allegro, Merlin)
E: Dado Ɵi=(Ɵi1, ..., Ɵim-1), calcular la esperanza de recombinaciones por posición Elston-Stewart Cadenas ocultas de Markov (Lander & Green 87): Allegro,
Genehunter, Merlin M: Calcular EMV
Ɵi+1=(Ɵi+1 1, ..., Ɵi+1, m-1)
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Construcción de mapas genéticos o de ligamiento
O(26mn)
O(6mn22n)
m: total posicionesn: total individuos
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Vectores de herencia
Árbol empaquetado
Árbol ralo(Merlin: Abecasis et al. 2002)
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Métodos de identificación de
variaciones genéticas en
enfermedades complejas
(Burton et al. 2005)
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Modelos gráficos para el análisis de haplotipos en estudios poblacionales
Deterministas Árboles filogenéticos de haplotipos Redes de recombinación ancestral
Estocásticos Redes bayesianas Redes de Markov Grafos no dirigidos
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Árbol Filogenético La forma convencional de un árbol filogenético es la
siguiente:
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Árbol Filogenético El nodo raíz indica la
posición de la divergencia base, y en ciencias de la computación suele situarse arriba en lugar de abajo del árbol
Las ramas que parten de los nodos interiores indican divergencias genéticas y pueden pintarse también con forma rectangular
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Árbol Filogenético La rotación de las ramas no importa, de
modo que un mismo árbol permite distintas representaciones
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Árbol Filogenético La raíz del árbol es importante porque da
la dirección
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Árbol Filogenético Existen distintos tipos de árboles:
Dendograma: indica sólo relaciones de parecido
Cladograma: indica relaciones de parecido y evolución. Muestra la distancia al antecesor común en términos relativos. La longitud de las ramas no indican el tiempo evolutivo
Serían equivalentes en un dendograma, pues en ellos
el eje Y no tiene significado
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Árbol Filogenético Filograma: indica relaciones de parecido, evolución y
distancia, para ello contiene información adicional dada por la longitud de las ramas. Los números asociados con cada rama corresponden a un atributo de las secuencias, tal como cantidad de cambio evolutivo.
![Page 32: Modelos gráficos para detección de loci de susceptibilidad en enfermedades complejas Nuria Medina Medina Rosana Montes Soldado María del Mar Abad Grau.](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062500/5665b4561a28abb57c90a866/html5/thumbnails/32.jpg)
Construir el Árbol Filogenético de haplotipos
Un posible ejemplo de conjunto de secuencias sería:
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Construir el Árbol Filogenético Existen distintos métodos para construir árboles
filogenéticos: Métodos de distancia: Usando matrices de distancia:
UPGMA: Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean. NJ-Neighbour Joining. Vecino más cercano Minimum evolution. Utiliza el método de mínimos cuadrados.
Métodos discretos: Operan directamente con las secuencias Máxima parsimonia: buscar el menor número de mutaciones
requeridas Parsimonia estadística: mutación múltiple en distancias cortas Máxima verosimilitud (Maximum likelihood): utiliza el estado del
carácter y la distancia
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Construir el Árbol Filogenético
Método parsimonia: La idea es que la hipótesis más sencilla es la más
probable Entonces el objetivo es encontrar el árbol que minimice
el número de cambios
![Page 35: Modelos gráficos para detección de loci de susceptibilidad en enfermedades complejas Nuria Medina Medina Rosana Montes Soldado María del Mar Abad Grau.](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062500/5665b4561a28abb57c90a866/html5/thumbnails/35.jpg)
Máxima parsimonia versus parsimonia estadística (Templeton 2000)
![Page 36: Modelos gráficos para detección de loci de susceptibilidad en enfermedades complejas Nuria Medina Medina Rosana Montes Soldado María del Mar Abad Grau.](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062500/5665b4561a28abb57c90a866/html5/thumbnails/36.jpg)
Pasos en la construcción de árboles dehaplotipos(Templeton 2000)
![Page 37: Modelos gráficos para detección de loci de susceptibilidad en enfermedades complejas Nuria Medina Medina Rosana Montes Soldado María del Mar Abad Grau.](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062500/5665b4561a28abb57c90a866/html5/thumbnails/37.jpg)
Ejemplo de árbol de haplotipos
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Redes de recombinación ancestral
![Page 39: Modelos gráficos para detección de loci de susceptibilidad en enfermedades complejas Nuria Medina Medina Rosana Montes Soldado María del Mar Abad Grau.](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062500/5665b4561a28abb57c90a866/html5/thumbnails/39.jpg)
TreeDT: Árboles de haplotipos en estudios de asociación Tree Scanning (Templeton et al. 2005): prior treeTreeDT (Sevon et al. 2006)
Se construye un árbol para cada posición y se aplica el “Tree Disequilibrium Test”que busca subárboles con muchos haplotipos enfermos
![Page 40: Modelos gráficos para detección de loci de susceptibilidad en enfermedades complejas Nuria Medina Medina Rosana Montes Soldado María del Mar Abad Grau.](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062500/5665b4561a28abb57c90a866/html5/thumbnails/40.jpg)
Máxima parsimonia en la recombinación(Song, Hein 2003)
Grafo de recombinación ancestral
Algoritmo determinista
Tres operaciones “poda-y-reinjerto de subárbol” (PRS)
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Redes bayesianas en estudios de asociación(Sebastiani et al. 2005)
![Page 42: Modelos gráficos para detección de loci de susceptibilidad en enfermedades complejas Nuria Medina Medina Rosana Montes Soldado María del Mar Abad Grau.](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062500/5665b4561a28abb57c90a866/html5/thumbnails/42.jpg)
Redes bayesianas en estudios de asociación(Sebastiani et al. 2005)
Genotipos en vez de haplotipos
![Page 43: Modelos gráficos para detección de loci de susceptibilidad en enfermedades complejas Nuria Medina Medina Rosana Montes Soldado María del Mar Abad Grau.](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062500/5665b4561a28abb57c90a866/html5/thumbnails/43.jpg)
Modelos gráficos en estudios de asociación(Verzilli et al. 2006)
Genotipos en vez de haplotipos Grafos acíclicos descomponibles (representables
por árboles de unión) Conocimiento a priori: DL Paradigma de la media de modelos: MCMC
![Page 44: Modelos gráficos para detección de loci de susceptibilidad en enfermedades complejas Nuria Medina Medina Rosana Montes Soldado María del Mar Abad Grau.](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062500/5665b4561a28abb57c90a866/html5/thumbnails/44.jpg)
Modelos gráficos para estimación de haplotipos(Scheet & Stephens 2006)
Las variables son los clústeres HMM
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Mapas de LD
Bloques de haplotipos de baja recombinación (Dali et al. 2001, Patil et al. 2001, Gabriel et al. 2002)
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Redes bayesianas para estimación de mapas DL(Greenspan & Geiger 2004: Haploblock)
Genotipos y haplotipos
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Redes bayesianas para estimación de mapas DL(Rodin & Boerwinkle 2005)
Modelo multinomial Criterio: clase de equivalencia max Usada para selección de variables Bootstrap
![Page 48: Modelos gráficos para detección de loci de susceptibilidad en enfermedades complejas Nuria Medina Medina Rosana Montes Soldado María del Mar Abad Grau.](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062500/5665b4561a28abb57c90a866/html5/thumbnails/48.jpg)
Modelos gráficos para estimación de mapas DL(Thomas 2009)
Haplotipos (las variables son alelos) Grafos de intervalos:
Posiciones ordenadas DL disminuye con la distancia
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GDAs probabilísticos para representar filogenias(Strimmer et al. 2001)
Grafo de recombinación ancestral
Los nodos representan secuencias de la filogenia De árbol (mutación) De recombinación
![Page 50: Modelos gráficos para detección de loci de susceptibilidad en enfermedades complejas Nuria Medina Medina Rosana Montes Soldado María del Mar Abad Grau.](https://reader035.fdocuments.co/reader035/viewer/2022062500/5665b4561a28abb57c90a866/html5/thumbnails/50.jpg)
Algunas ideas
TDT (U/T) en vez de caso-control Redes bayesianas:
Un nodo por SNP (eliminar aquéllos de equivalencia exacta)
Orientación de los arcos según antigüedad de la variación (información filogenética)
Una red representa varias posibles redes filogenéticas
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Estudios del transcriptoma Extracción de conocimiento en datos
masivos de expresión genética (microarrays)
Identificación de genes relacionados con el cáncer
Identificación de genes relacionados con diversas funciones celulares
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Métodos de identificación de
variaciones genéticas en
enfermedades complejas
(Burton et al. 2005)
F
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y/o
no
empa
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Fam
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Agrupamiento (clustering) en datos de expresión genética
Patrones de expresión genética y agrupamiento (clustering) mediante dendogramas
Ramoni, Marco F. et al. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 9121-9126
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Agrupamiento (clustering)
en datos de
expresión genética
85 muestras (78 carcinomas, 3 tumores benignos y 4 tejidos normales)
Colores: Subtipos de tumor encontrados
Sorl
ie,
Th
ere
se e
t al. (
200
1)
Pro
c. N
atl
. A
cad
. Sci
. U
SA
98(1
9):
10
869–1
0874
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Agrupamiento (clustering) en datos de expresión genética
Grupos encontrados
Xu. Yin
g e
t al. (
2001)
Genom
e Info
rmati
cs 1
2:
24-3
3